Saudi Arabian Airlines waren mit 29 MD-90 der weltweit größte und wichtigste Betreiber der MD-90. Das Muster wurde auf zahlreichen Kurz- und Mittelstrecken eingesetzt; zu den europäischen Linienzielen gehörten und gehören Athen sowie Mailand. Die letzte fabrikneue MD-90 wurde im Frühjahr 2000 an Saudi Arabian Airlines ausgeliefert. Bis September 2011 hat sich die MD-90-Flotte auf zehn oder elf Flugzeuge eingependelt, die anderen MD-90 wurden eingemottet. Ende März 2012 verdichten sich Hinweise, dass keine MD-90 mehr im Einsatz stehen könnten.

McDonnell Douglas gelang es am 26.10.1995, den lange erwarteten Vertrag über einen Auftrag für 29 MD-90 mit der Saudia (später wieder Saudi Arabian Airlines) unter Dach und Fach zu bringen. Diese Bestellung wurde durch die US-Regierung bekannt gegeben und es gibt nicht nur deshalb böse Zungen, die behaupten, daß die damalige US-Regierung massiv an dem „Saudia-Deal“ (für Boeing 777, 747-400, MD-11 und MD-90) gewirkt hätte. Es wurde sogar von Experten bestätigt, daß es „eine große Kunst war“, die MD-90 an Saudia zu vermitteln, da diese Fluglinie eigentlich keine Verwendung für dieses Flugzeugmuster hatte (aber für die A320 oder 737-800?). Die Großbestellung umfasste insgesamt 61 Flugzeuge. In den meisten Publikationen über diesen Deal geht unter, dass Saudia schon seit spätestens Anfang der 1990er Interesse an der MD-80 bekundete. Es gilt als wahrscheinlich, dass sich dieses Interesse mehr oder weniger stark auf die Entscheidung zugunsten der MD-90 ausgewirkt hat.

Die Cockpits dieser MD-90 sind mit Displays ausgestattet, die denen der MD-11 sehr ähnlich sind. Somit sind alle 29 MD-90 dieser Fluggesellschaft nicht kompatibel mit anderen MD-90. Das Cockpit wird oft als Cockpit beschrieben, welches sich stark an der MD-11 und der Boeing 717 orientiert. Große Displays ersetzten hier weitere Instrumente.

Die Kabinen sollen mit zahlreichen Zusatzkomponenten für einen „unvergleichlichen Komfort" sorgen.  Neben einer sehr großzügigen Bestuhlung von nur 121 Sitzplätzen (F18 Y103), bieten erheblich aufgewertete und größere Bordküchen und Entertainment-Systeme für einen hohen Servicestandard. Saudi Arabian setzt das Muster MD-90 primär auf ihrem Kurz- und Mittelstreckennetz ein, einige Flüge führen bis nach Europa - im Linienverkehr und auch Charterflügen.

Pläne zum Erwerb von Boeing 717 wurden verworfen, die teilweise die verbliebenen Boeing 737-200 ersetzt hätten. Saudi Arabian Airlines führte zweitgleich mit Ablieferung der ersten bestellten Flugzeuge ein neues Farbschema ein und es war auch Saudi Arabian, die als letzte Fluggesellschaft eine MD-90 ab Werk übernahm. Das derzeitige Farbschema von Saudi Arabian Airlines wurde am 16.07.1996 eingeführt.

Bei Saudi Arabian Airlines sollen sich die MD-90 nach Darstellung von Artikeln im Internet weniger gut bewährt haben. Kritik wird oft an der angeblich nicht vorhandenen Fähigkeit der MD-90 geübt, daß dieser Flugzeugtyp die 737-200Adv. auf schlecht ausgerüsteten und/oder Regionalflugplätzen mit eher nur kurzen Pisten nicht oder nur mit erheblichen Nutzlastbeschränkungen eingesetzt werden kann und dadurch keinen Ersatz darstellen konnte. Andererseits wird laut verschiedenen Informationen die MD-90 von den Piloten, Flugbegleitern und nicht zuletzt den Passagieren sehr geschätzt. Hier darf man anmerken, daß dies keine Überraschung hätte sein dürfen und viel mehr Saudi Arabian Airlines tatsächlich "falsch bestellte" und es einer Fluggesellschaft selbst unter politischem Einfluss bewusst sein sollte, was man bestellt und es eine recht einfache Erklärung ist, die derzeit eingesetzten MD-90 überwiegend mehr oder weniger offiziell negativ zu kritisieren. Es sei erwähnt, daß es selbst unter den klimatisch extremen Bedingungen Saudi Arabiens seltsam erscheint, daß die 121-sitzigen MD-90 aufgrund ihrer großzügigen Konfiguration derart oft Nutzlastbeschränkungen unterliegen. Quellen besagen, dass Saudi Arabian ursprünglich "anstelle der MD-90 die BAe146 bestellen wollte, um die Regionalflughäfen auch bedienen zu können". Es erscheint fraglich, ob die BAe146 mit den zum Teil extrem hohen Lufttemperaturen besser zurecht gekommen wären als die MD-90.

Auch die Fokker 100 wurde bis Mitte der 1990er erwähnt - schwerlich ein Flugzeugtyp, der für enorme Leistungswerte unter klimatisch heißen Wüstenbedingungen bekannt ist.

Zeitweise wird gemeldet, dass zwei MD-90 ausgemustert wurden und als Ersatzteilspender für die restlichen MD-90 dienen. Darunter soll sich auch eine MD-90 befinden, die nach einer Notlandung durch Feuer beschädigt wurde. Immer wieder gibt es auch Gerüchte, dass Saudi Arabian sich von ihren MD-90 trennen möchte. Ein Verkauf wird aber durch die auf Wunsch von der Fluggesellschaft konzipierten Cockpits objektiv sehr erschwert, da kein Interessent mit schon vorhandener MD-90-Flotte automatisch diese MD-90 integrieren kann, da diese ein eigenes Rating benötigen. Darum gibt es Stimmen die behaupten, dass Saudi Arabian "sehr lange ihre MD-90 einsetzen wird", da sie "unverkäuflich sind".

Mehrere Quellen berichten im November 2007, dass Saudi Arabian Airlines eine Bestellung für 22 Airbus A320 (+ 8 Optionen) tätigen wird. Eine Erklärung wird auf der "Dubai Airshow" am "heutigen Montag" erwartet. Es ist anzunehmen, dass die A320 die bestehende MD-90-Flotte ersetzen werden.

Saudi Arabian Airlines bot ab Dezember 2007 über ihre Homepage 28 MD-90 zum sofortigen Verkauf an. Mit Zulauf von Airbussen würde die MD-90 ersetzt werden.

Eine McDonnell Douglas MD-90 (sehr wahrscheinlich die HZ-APW) ist am 08. Mai 2009 bei einem Positionierungsflug (SV9061) von Jeddah nach Riyadh mit acht Besatzungsmitgliedern bei der Landung in Riyadh mit hoher Geschwindigkeit beim Verlassen der Piste 15L von der Piste abgekommen. Dabei wurde das linke Fahrwerk abgerissen und die linke Tragfläche schwer beschädigt. Alle Besatzungsmitglieder der havarierte MD-90 wurden durch eine der vorderen Türen evakuiert. Das Flugzeug wird sehr wahrscheinlich als Versicherungsfall abgeschrieben und somit nicht repariert.

Im Dezember 2010 kann man im Internet lesen, dass Saudi Arabian Airlines eher unmerklich ihre MD-90 schrittweise, aber deutlich reduzieren. So sollen nur noch 16 MD-90 aktiv im Einsatz stehen, während 13 weitere MD-90 abgestellt sind. Im einzelnen soll es sich um folgende abgestellte MD-90 handeln: HZ-APH, HZ-APM, HZ-APS, HZ-APT, HZ-APY, HZ-APX, HZ-APU, HZ-APW, HZ-APZ, HZ-AP3, HZ-AP4, HZ-AP7

Unbestätigt sollen sieben der noch offiziell zehn (oder elf) MD-90 bei Saudi Arabian Airlines angeblich bis 2016 eingesetzt werden. Die verbliebenen drei (oder vier) MD-90 sollen als Ersatzteilspender dienen. Über den Status der weiteren 18/19 MD-90 habe ich keine weitreichenden Informationen. Gesichert scheint zu sein, dass diese MD-90 abgestellt sind.

Die Datenbank „planespotters.net“ listet Ende März 2012 nur noch eine einzige MD-90 bei Saudi Arabian Airlines als „aktiv“ auf, sämtliche 28 weitere Flugzeuge werden als abgestellt gelistet. Sollte sich diese Information als korrekt herausstellen, könnten die ursprünglichen Pläne des weiteren Betriebs einer kleinen MD-90-Flotte bis 2016 nicht mehr gültig sein und eine vollständige Ausmusterung bevorstehen.

Saudi Arabian Airlines führen den Flugzeugtyp MD-90 nicht mehr in ihren Flotteninformationen. Dies könnte darauf hindeuten, dass diese Fluggesellschaft ihre letzten MD-90 aus ihren Flugbetrieb abgezogen haben könnten.

Das US-Unternehmen “AerSale” hat 25 MD-90 von Saudi Arabian Airlines erworben. Eine erste MD-90 verließ Saudi Arabien Mitte April 2012. Über die Zukunft dieser MD-90 ist bislang offiziell nichts bekannt. AerSale ist aber mehrheitlich auf das Zerlegen von Flugzeugen spezialisiert. Es kann sein, dass diese MD-90 entweder an Interessenten vermietet oder verschrottet und als Ersatzteilspender dienen könnten.

MD-80.com versuchen, die Situation zu beobachten.

Die MD-90 der Saudi Arabian erhielten u.a. ein alternatives Flugdeck.