Durch die Integration der JAS wurde JAL ein MD-90-Betreiber und teilte sich mit Delta über mehrere Jahre den zweiten Platz im Bezug auf die Flottengröße. Die gesamte aus 16 Exemplaren bestehende Flotte wurde in die JAL integriert und wird weiterhin primär auf japanischen Inlandrouten eingesetzt. JAL passte alle MD-90 der Standardbemalung an und dadurch wurden zwangsläufig die Kurosawa-Kunstwerke Vergangenheit. JAL planen im Zuge ihrer drastischen Umstrukturierung die Ausmusterung ihrer gesamten MD-90-Flotte.

--> Hauptartikel: "Auflistung der MD-90-Flotte von Japan Airlines"

Anfang Januar 2007 begann JAL, einige MD-90 mit einer Zweiklassen-Konfiguration umzurüsten. Abweichend von den 166-sitzigen MD-90 werden nun auch Flugzeuge in der Konfiguration 18/132 eingesetzt.

JAL plant ab 2008/09 die Ausmusterung der Flugzeugtypen MD-80 und MD-90. Als Ersatz werden derzeit Boeing 737-800 in Dienst gestellt. Der Ausmusterung der MD-90 (und MD-80)-Flotten ist Teil des Plans von JAL, die Anzahl ihrer eingesetzten Flugzeugtypen deutlich zu reduzieren.

Die mittlerweile insolvente JAL baut ab Ende 2009 bis 2011 ihren Flugbetrieb drastisch ab und um. Die MD-90-Flotte wird nicht direkt genannt, aber es gilt als sehr wahrscheinlich, dass die relativ kleine Teilflotte bei Bedarf und nach Möglichkeit sehr zügig ausgemustert werden kann. JAL setzen u.a. nur noch eine sehr kleine Flotte von MD-81 ein und es ist offensichtlich, dass JAL u.a. die MD-80/-90 und bestätigt die gesamte Airbus A300- sowie Boeing 747-Flotten ausmustern werden.

Spätestens Mitte Juli 2010 wird bekannt, dass JAL im Zuge ihrer dratischen Flottenreduzierungen um ca. 30% nicht nur 41 Boeing 747 und 18 Airbus A300 zum Verkauf anbieten, sondern auch die gesamte MD-90-Flotte mit 16 Flugzeugen. JAL hoffe, bis "Ende dieses Jahres Käufer zu finden". JAL werden durch ihre Verkleinerung 45 nationale und internationale Routen einstellen.

Anfang September 2010 bestätigten JAL ihren Plan, sich u.a. von der gesamten MD-90-Flotte zu trennen. Ein Interessent wurde offiziell noch nicht bekannt. JAL werden am 30. September 2010 ihre letzte MD-81 ausmustern.

JAL werden den Kranich "Tsuru" wieder einführen. Hier wird erfreulicherweise das nicht definierbare aktuelle Schema ad acta gelegt und der in Japan äußerst populäre Tsuru als Zeichen einer eines Tages wieder starken JAL gesehen. Das traditionelle Logo soll leicht überarbeitet wieder das Standardlogo von JAL werden, zusätzlich der Schriftzug eine neue Schriftart erhalten.

Ab 19. Januar 2011 wurde offiziell das geplante neue Farbschema präsentiert, welches ab April 2011 eingeführt werden soll. Wenngleich es objektiv durch wenig Innovation auffällt, so erfüllt dieses Schema klassische Maßstäbe klassischer Gestaltung durch Verwendung eines sehr leserlichen Schriftzugs oberhalb der Fenstereihe und eines optimal positionierten Logos auf dem Leitwerk. Die verwendeten Farben reduzieren sich bei dieser Variante auf drei Farben, wobei zwei Farben auch die Landesflagge Japans widerspiegeln. Die Rückkehr des Logos kompensiert aber mögliche Innovationsdefizite und vielmehr zeigt es auf, dass das bisherige Image sich nicht durchsetzen konnte. Zu sehr wirkte es trotz aller Bemühungen zu universell, zu austauschbar. Das alte Logo von JAL ist unverwechselbar und traditionsreich. Zweifellos wird in Zukunft ein Flugzeug von JAL wieder sofort erkennbar sein.

Das ab April gültige Farbschema kann auf allen Flugzeugformen gut angepasst werden und sollte die Boeing 777-Grafik tatsächlich die finale Version darstellen, so wurde das Logo wieder "richtig positioniert", wobei auch dies Geschmackssache ist. So wurde nämlich mit Einführung eines (ebenfalls sehr nüchternen Auftritts) Ende der 1980er der Tsuru relativ hoch an Leitwerken bestimmter Flugzeugtypen positioniert und wirkte dadurch noch verlassener und kleiner. Bei der Version auf der Grafik erscheint das Logo deutlich größer und erinnert eher an die Positionierung bei der DC-8. Sicherlich hätten JAL ein komplexeres Schema vorstellen können, aber alleine die Rückkehr des alten Logos ist schon sehr bemerkenswert.

Zumeist wird das Logo aus Gründen der japanischen Tradition sehr geachtet und steht für sehr viele positive Aspekte. Gleichwohl darf aber nicht verschwiegen werden, dass die Disposition des Logos schon ca. 1987 zur Diskussion stand. Nach dem Absturz einer ihrer Boeing 747SR im August 1985 war die Imagewirkung national und international stark angeschlagen und die mediale Berichterstattung zeigte zwangsläufig sehr oft das Logo der JAL. Die Fluggesellschaft selber stellte jegliche Werbeaktivitäten ein und hielt sich mit irgendwelchen Marketingmaßnahmen stark zurück. Zu sehr wäre jede Form von Werbung auf negative Reaktionen des japanischen Publikums gestoßen. Der drastische Rückgang von Buchungen nach dem Unglück trug ebenfalls dazu bei, dass JAL über eine neue öffentliche Wahrnehmung nachdachte und ernsthaft den Abschied ihres Logos erwogen hat. So gab es damals schon unbestätigt Pläne, die Jahre später in das u.a. auf den MD-90 zu sehende Schema münden sollte. 

Delta Air Lines haben den geplanten Erwerb von neun MD-90 von JAL bestätigt. JAL setzen insgesamt noch 16 MD-90 ein. Die Lieferung der neun MD-90 soll ab Januar 2012 erfolgen.

Ein schweres Erdbeben mit anschließenden Tsunamis erschütterte Teile Japans am 11. März 2011. In den betroffenen Präfekturen ist die Infrastruktur sehr stark beeinträchtigt. Auch JAL führen je nach aktueller Situation einen alternativen Flugbetrieb innerhalb Japans durch. Einige Flughäfen sind nur temporär betriebsbereit. Die Flughäfen Sendai und Hanamaki können nicht bedient werden. Es ist anzunehmen, dass JAL auch in den Folgetagen nur einen eingeschränkten Flugbetrieb umsetzen können, da auch  durch geplante Stromausfälle in der Kanto-Region Verzögerungen angekündigt wurden.

Sieben Flugzeuge der JAL und ANA sollen Agenturangaben nach durch die Auswirkungen der Naturkatastrophe beschädigt worden sein. 

Die negativen wirtschaftlichen Folgen für JAL aufgrund der Tragweite der Naturkatastrophe sind noch nicht absehbar.

Japan Airlines präsentieren sich ab 01. April 2011 mit neuem Schriftzug und (erfreulicherweise!) altem Logo.

Ab November 2011 ist mindestens eine erste MD-90 abgestellt und ab Januar 2012 soll die schrittweise Überführung von MD-90 in die USA beginnen. Im März 2012 sollen nur noch acht der ursprünglich 16 MD-90 bei JAL im Einsatz stehen. Die letzte MD-90 soll nach Informationen aus dem Internet im März 2013 ausgemustert werden.

Delta Air Lines haben am 18. April 2012 den Kauf von sieben MD-90 der Japan Airlines vereinbart. Alle sieben Flugzeuge sollen ab Ende 2013 bei Delta in Dienst gestellt werden. Finanzielle Details über diese Transaktion wurden nicht offiziell mitgeteilt.

Diese diese Übernahme sichert sich Delta die gesamte MD-90-Flotte von JAL.

Freundlicherweise informierte mich ein Mitarbeiter von ch-aviation, dass bei Japan Airlines laut Flugplan bis 30. September 2012 die MD-90 noch als Fluggerät erscheinen, zum Anlaufen des Winterflugplans 2012/13 aber nicht mehr. Dies kann als starkes Indiz angesehen werden, dass die verbliebenen MD-90 Ende September 2012 tatsächlich ausgemustert werden könnten. Natürlich können sich kurzfristig im laufenden Flugbetrieb noch Änderungen ergeben und auch nach dem 30. September 2012 einige wenige MD-90 bei JAL eingeplant sein.

--> Zum Hauptartikel: "JAL MD-90-Abschiedstour"

JAL haben am 12. Januar 2013, den Flugzeugtyp MD-90 mit einer zweitägigen Abschiedstour gewürdigt.

Laut ch.aviation.ch planen Japan Airlines (JAL), ihre letzten vier verbliebenen MD-90 bis Ende nächsten Monats auszumustern, mit letzten Flügen am 30. März (2013). Es gilt als wahrscheinlich, dass auch diese verbliebenen MD-90 in Zukunft die wachsende MD-90-Flotte von Delta Air Lines ergänzen werden.

MD-80.com werden weiterhin berichten.

Letzte Aktualisierung: 23. Februar 2013