China Northern Airlines - der historisch betrachtet größte Betreiber der MD-80 in der VR China - entschieden sich wie China Eastern Airlines für die MD-90 als Ergänzung und übernahm am 26.07.1996 ihr erstes von elf fest bestellten Flugzeugen. Drei MD-90 sollten bis Ende 1996 und jeweils drei weitere 1997 sowie 1998 und final dann zwei MD-90 1999 ausgeliefert werden. China Northern wurden durch China Southern übernommen und existieren nicht mehr.

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China Northern Airlines galt in der ersten Hälfte der 1990er Jahre als logischer möglicher Kunde der MD-90. Begründet wurde dies u.a. durch die Tatsache, dass China Northern Airlines eine recht große MD-82-Flotte einsetzte und sich somit Vorteile beim Ausbau der Flotte durch MD-90 ergeben würden.

Ab 08.08.1996 sollte der Linieneinsatz der MD-90 bei China Northern auf Flügen ab Shenyang nach Chongging und Kunming beginnen. Mit Lieferung weiterer MD-90 sollten dann auch recht zügig Shenzhen, Peking und Harbin zum Einsatzspektrum gehören. McDonnell Douglas gab zu verstehen, dass das Training der Crews in Dalian und die Ersatzteilversorgung ab Shenyang gewährleistet werden würde.

Wie geplant übernahmen China Northern Airlines alle elf MD-90, die eine Flotte von weit über 20 MD-82 ergänzten. China Northern war primär nur innerhalb der VR China aktiv, zu den wenigen Ausnahmen gehörten Linienflüge nach Südkorea, Japan und nach Hong Kong. Ihre Hauptbasis war Shenyang, weitere Drehkreuze wurden in Harbin, Changchun und Sanya unterhalten. Für Jahre stellten die MD-80/-90 faktisch das "kleinste" Jet-Muster innerhalb der Flotte dar, ergänzt durch Airbus A300 und später Airbus A321. Es sei erwähnt, dass - konträr zur China Eastern Airlines - die MD-90 nicht als Ersatz der MD-80 eingeführt wurde, sondern einzig als Ergänzung.

Die MD-90-Flotte erfuhr eine moderate Vergrößerung, nachdem sich China Northern zur Übernahm von zwei MD-90 entschied, die in Lizenz in der VR China hergestellt wurden und eigentlich an die Shenzhen Airlines ausgeliefert werden sollten. Die Lieferung sollte bis zu fünf (?) MD-90 an Shenzhen beinhalten.

China Southern Airlines übernahm im Jahr 2003 die China Northern und die gesamte Flotte wurde schrittweise in die Flotte von China Southern integriert und auch farblich angepasst. Da weder die MD-90 und auch die MD-82 gar nicht in das Unternehmenskonzept von China Southern eine Rolle spielen, wurde recht schnell offiziell, dass China Southern sich von diesen Teilflotten trennen würde. Als Ersatz wurden u.a. Airbus A319 bestellt.

Der neue Eigentümer China Southern Airlines hat immer wieder und auch von Anfang bestätigt, dass die MD-80/-90-Flotte nicht in ihre Flottenstruktur passen würden. Der Ersatz der MD-80 wurde bis 2008 umgesetzt, aber weiterhin sind offiziell alle 13 MD-90 bei China Southern Airlines im Einsatz. Da China Southern Airlines mittlerweile eine riesige Flotte einsetzen, spielen die MD-90 eine verschwindend kleine Rolle. Eine Ausmusterung ist somit nicht nur wahrscheinlich, sondern auch aus betrieblicher Sicht praktisch. Nach der Verabschiedung der MD-90 bei China Southern Airliens werden in Zukunft keine zweistrahligen Flugzeuge von McDonnell Douglas in der VR China im Einsatz stehen.