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Die Integration von Reno Air führte dazu, dass American Airlines auch eine Flotte von fünf McDonnell Douglas MD-90 übernahmen und ab Ende August 1999 offiziell Bestandteil des Flugbetriebs waren. Spätestens Ende Juli 2001 war die gesamte MD-90-Flotte eingemottet, da American Airlines im Zuge einer Flottenvereinheitlichung diese sehr kleine Teilflotte nicht mehr weiterhin einsetzen wollte.

Keine MD-90 erhielt das Standardfarbschema von American Airlines, aber eine stark an American angelehnte Hybridlackierung basierend auf den weißen Rumpf der vormaligen Reno Air-Bemalung und den Rumpfstreifen von American Airlines. Auch wurde das Leitwerk matt-grau angepasst. Am Bug stand außerdem "Super 90" in Anlehnung an die Bezeichnung "Super 80" für die MD-80 bei American Airlines.

American Airlines standardisierte ihre MD-Flotte ab 2001/02 von der MD-82/-83/-87 und MD-90 auf die MD-82 und MD-83. Die MD-87 und MD-90 waren mit jeweils nur fünf Einheiten im Flugbetrieb nicht tragfähig.

Die MD-80-Flotte bei American Airlines erfuhr durch die Übernahme von Reno Air und TWA eine nochmals erhebliche Vergrößerung. Zeitweise waren rund 25% aller jemals produzierten MD-80 gleichzeitig bei American Airlines im Einsatz! Der zeitlose und sehr starke Markenauftritt wird auf dieser schönen Aufnahme deutlich.

Der über Jahre hinweg vertraute Anblick von Dutzenden "Super 80" im zeitlos schönen Unternehmensauftritt von American Airlines an ihren Drehkreuzen Dallas und Chicago wird sehr bald Vergangenheit sein. Es ist festzustellen, das die große Mehrheit von "Luftfahrtfreaks" diese Entwicklung sehr erfreut.

Die Tage der MD-80-Serie sind nach aktuellen Planungen bei American Airlines gezählt. Leider wird der Einsatz des Musters MD-80 seit 1983 rückblickend als "selbstverständlich" hingenommen und in einigen Portraits über American Airlines gar nicht (!) erwähnt. Dies wäre bei vermeintlich "populäreren" Flugzeugtypen sicherlich nicht so - eher würden Lobeshymnen gebetsmühlenartig wiederholt werden und mehr als nur einmal wurde u.a. die Frage gestellt, warum "American überhaupt die "Super 80" einführte" - mit subtilem Unterton, dass es eine falsche Entscheidung gewesen wäre. Unabhängig von der verzerrenden Wahrnehmung lächelt diese MD-80 für die Nachwelt in die Linse.

Reno Air waren nach Delta Air Lines der zweite Betreiber der MD-90 in den USA. Die beeindruckende Lärmarmut erwies sich als sehr großer Vorteil bei der Bedienung von teilweise extrem lärmsensitiven Flughäfen in Kalifornien. American Airlines nutzten dann diese MD-90 für eine recht kurze Zeit.

Alle fünf MD-90 der American Airlines wurden ab 2005 an die indonesische Fluggesellschaft Lion Air vermietet. Im April 2012 musterten Lion Air ihre letzten flugfähigen MD-90 aus, mindestens zwei MD-90 wurden durch Zwischenfälle beschädigt und werden wahrscheinlich nicht mehr repariert und selbst die offiziell flugfähigen MD-90 sollen mehrheitlichen Informationen nach in einem schlechten Zustand sein.