American Airlines wurden durch die Übernahme der Reno Air ab Ende August 1999 Betreiber der MD-90 und fünf Exemplare wurden für eine recht kurze Zeit von American Airlines in einer Hybridbemalung eingesetzt. Da für American Airlines die sehr kleine Teilflotte von nur fünf MD-90 zu spürbar höheren Betriebskosten führte, entschied sich die Fluggesellschaft sehr schnell, sich von diesem Flugzeugtyp zu trennen, da die Nachteile bei weitem die Vorteile im Bezug auf die Ähnlichkeiten zwischen der MD-80 und MD-90 überwogen. Spätestens ab Juli 2001 waren keine MD-90 mehr im Einsatz.

--> Zum Hauptartikel: "Die ehemalige MD-90-Flotte von American Airlines"

American Airlines soll am Anfang die übernommenen MD-90 "gehasst" und kurz vor der Ausmusterung ihre späte "Liebe entdeckt haben". Diese sehr emotionale darstellung von operationellen Gesichtspunkten waren und sind mit Vorsicht zu behandeln. Gerüchte und Meinungen besagten, dass American Airlines die MD-90 in der Phase vor der Ausmusterung ziemlich erfolgreich ab Orange County/Kalifornien einsetzte und die Lärmarmut der MD-90 sehr zu schätzen wusste und davon auch profitierte. Es soll sogar überlegt worden sein, eine größere Teilflotte von MD-90 aufzubauen, die dann ab lärmsensitiven Flughäfen hätte eingesetzt werden können. Die zusätzlichen Kosten für den Betrieb einer MD-90-Flotte sprachen aber eindeutig gegen diese Idee. Wenig später gab es Gerüchte über einen möglichen Transfer dieser fünf MD-90 an Delta Air Lines, die seinerzeit eine ebenfalls relativ kleine Flotte von 16 MD-90 einsetzte. Dieses Gerücht stand aber konträr zu den Überlegungen von Delta, ihre MD-90-Flotte auszumustern.

Alle fünf MD-90 kamen ab 2005 bei der Lion Air zum Einsatz.

--> Zum Hauptartikel "American Airlines und die MD-90"

American Airlines hatten laut mehreren Fachartikeln aus der "Flight International" in den 1990ern zeitweise mehr oder weniger großes Interesse an der MD-90. Hierbei ging es u.a. auch um die Änderung von noch bestehenden Optionen für  MD-80, die in solche für MD-90 umgewandelt werden sollten.