Swiss hatte mit enormen Problemen zu kämpfen. Diese Nöte zwangen Swiss dazu, ihren Flugplan im Jahr 2003 drastisch anzupassen. Es wurden viele Strecken eingestellt oder zumindest ausgedünnt. Swiss hat im Zuge dieser Reduzierungen auch einen Teil ihrer Flotte abgezogen. So wurden alle restlichen SAAB 340 ausgemustert, die Flotte von SAAB 2000 und Embraer ERJ-145 stark reduziert. Außerdem wurde auf Kurzstrecken ein neues Servicekonzept eingeführt, dass zu weiteren Kostenreduzierungen führen soll. So gibt es an Bord der ERJ-145 (zum Beispiel) nur noch die Touristenklasse und keinen kostenlosen Bordservice mehr. Im Gegenzug bietet Swiss dafür recht attraktive Flugpreise. Zeitgleich wurde und wird die Flotte weiter gestrafft. So werden alle MD-11 durch A340-300 ersetzt und die A319 und A321 sollen ebenfalls die Flotte verlassen. Swiss kann hier auch die Chance nutzen, die Anzahl der eingesetzten Flugzeugtypen zu reduzieren. Hierbei war es einfach, sich von der kleinen Teilflotte von MD-80 zu trennen.

Ende Oktober 2003 wurde gemeldet, dass im Februar 2004 die letzte MD-80 aus dem Verkehr gezogen würde, aber dann kam schon wenig später die Meldung, dass kurz vor Weihnachten der letzte Linienflug einer MD-80 in den Farben der Swiss stattfand. Swiss war durch die Bestellung für Embraer 170 und 195 Erstkunde für diese neue Generation von Regionalflugzeugen, hat aber die Lieferung bisher mehrere Male verschoben und auch reduziert. Mit der Embraer 170/195 war der Ersatz der derzeit noch eingesetzten AVRO RJ85 und RJ100 ab 2008 geplant. dann aber verworfen worden.

Nach Übernahme durch Lufthansa konnten sich Swiss optimal platzieren und sidn heute eine sehr erfolgreiche Fluggesellschaft, die erfreulicherweise ihre Eigenständigkeit bewahrt hat und gleichzeitig die erheblichen Vorteile durch die Lufthansa nutzen kann. Es sollte sich recht schnell zeigen, dass die Swiss in Kombination mit Lufthansa ein äußerst erfolgreiches Unternehmen sind.