Die Airline wuchs Anfang der 1990er Jahre zunächst moderat mit zumeist fabrikneuen McDonnell Douglas MD-83, bot aber mit zwei Boeing 767-300ER auch Langstreckendienste an. Die MD-83 bot für Spanair (und andere Chartergesellschaften) eine sehr gute Kombination aus Kapazität, Wirtschaftlichkeit und Leistungsfähigkeit. Mit der Deregulierung des Luftverkehrs in Spanien stieg Spanair ab Mitte der 1990er Jahre auch zögerlich ins Liniengeschäft ein. Linienflüge wurden von Spanair ab 1994 eingerichtet, wobei damals drei MD-83 für Linienverbindungen ab Palma de Mallorca nach Barcelona, Madrid und Las Palmas sorgten. Die Einrichtung von Liniendiensten wurde als „großes Risiko“ gesehen, wobei die Anlaufverluste durch das sehr starke Chartergeschäft kompensiert werden konnte. 

Alleine die massive Ausweitung ihres Liniennetzes soll dafür gesorgt haben, daß 1998 weitere sieben MD-80 angemietet wurden. Bis 2000 wurden nochmals weitere sieben MD-80 angemietet und es zeichnete sich somit ab, daß sich das Verhältnis von Linien- und Charterflügen angleichen würde. Der Anteil an Linienflügen der Spanair ist im Zeitraum 1995 bis 1999 von 15 % auf 55 % gestiegen. Die MD-80-Flotte wurde kontinuierlich ausgebaut und bis Ende der 1990er Jahre durch zahlreiche angemietete Exemplare deutlich vergrößert. Durch befristete Leasingverträge soll Spanair kurzfristig sogar 37 MD-82/-83/-87 eingesetzt haben. Sicherlich spielte die Entscheidung zugunsten der MD-80 auch eine Rolle, daß SAS 49 % der Anteile an Spanair hielt. 51 % hielt zu diesem Zeitpunkt der spanische Reisekonzern Viajes Marsans, wobei SAS aber in der jüngsten Vergangenheit ihren Anteil an Spanair auf 74 % ausgebaut hatte.

Ab 1996 kamen auch MD-87 und ab 1997 MD-82 zum Einsatz. Mit der MD-87 wurde u.a. eine Strecke nach Malabo (vor der Küste Kameruns) eingerichtet, wobei diese Flüge im Auftrag von „Equato Guineana de Aviacion“ durchgeführt wurden. Trotz großer Nachfrage an Nutzlast und Passagieren, konnte die MD-87 oftmals nur mit erheblichen Nutzlastbeschränkungen zwischen Madrid und Malabo eingesetzt werden. Diese Strecke wird mittlerweile nur noch mit Airbussen durchgeführt.

Spanair übernahmen übrigens sechs SAIC MD-82, die in Lizenz in China gefertigt und von China Eastern Airlines eingesetzt und dann ausgemustert wurden! Die Mehrheit der  MD-82/-83 wurden mit jeweils Y170 Sitzen ausgestattet, andere verfügten über CY151 und Y165 Sitze. Andere Quellen sprachen davon, daß die MD-80 so konfiguriert sind, daß sie 170 Passagieren Platz bieten und bei Linienflügen „nur“ der Mittelsitz nicht besetzt wird und dann die Sitzplatzkapazität automatisch von Spanair auf 151 reduziert wird. Die MD-87 boten zu diesem Zeitpunkt 120 Passagieren Platz.

Im März 1999 unterzeichnete Spanair eine Absichtserklärung für die A320-Familie als MD-80-Ersatz. Diese Absichtserklärung für 45 Airbusse beinhaltete Festbestellungen für 21 Flugzeuge und 12 (zu bestätigende) Optionen und weiteren 12 Optionen. Die Evaluierung zugunsten der A320-Familie war sehr intensiv und Boeing sah für sich ganz gute Chancen, bei Spanair die B737NG zu platzieren. Im einzelnen handelte es sich um 7 Airbus A319-100, 17 A320-200 und 9 A321-200 ER. Alle Airbusse sollten mit je zwei IAE V2500-Triebwerken angetrieben werden. Es war klar, daß mit den neuen Airbussen die Ausmusterung der MD-80 eingeleitet werden sollte.

15 dieser Airbusse sollten von ILFC geleast werden. Erste Auslieferungen sollten in Form einer A321 ab September 2000 erfolgen. Alle A321 werden laut Plan bis 2005 ausgeliefert. Spanair trat als Erstkunde und Erstbetreiber der noch weiter beim Startgewicht erhöhten A321-200 ER-Version auf. Mit einem Abfluggewicht von 93000 Kg ist die A321-200 ER noch mal um rund 2000 Kg schwerer als die A321-200. Mit dem angewachsenen maximalem Startgewicht kann die A321-200 ER gegenüber der –200 um rund 550 Km weiter fliegen und die Reichweite der neuen A321-Version liegt bei voller Auslastung bei 5550 Km unter Standardbedingungen. Dieser Zuwachs wird durch zwei zusätzliche Treibstofftanks im Frachtraum ermöglicht. Somit ist die A321 erstmals in der Lage, mit voller Auslastung von US-Küste zu US-Küste zu fliegen oder Flüge von Nordeuropa zu den Kanaren und nach Nordafrika zu jeder Jahreszeit anzubieten. Zum Zeitpunkt der Entscheidung zugunsten der A320-Familie, setzte Spanair 20 MD-82/-83 und zwei MD-87 ein. Die Nachfrage an weiterer Kapazität war so groß, daß trotz der Entscheidung zur Ausmusterung und dem Abschied von der gesamten MD-80-Serie, die Flotte durch weitere angemietete MD-80 auf 32 und dann sogar auf 35 - 37 Flugzeuge der MD-80-Serie anwuchs! So stießen u.a. MD-80 zur Spanair-Flotte, die einst bei Aero Lloyd, Korean Air, China Eastern Airlines und Finnair im Einsatz standen.

Spanair wuchs neben Air Europa zu einer weiteren Konkurrenz der Iberia heran. Seit ca. 2002 lag der Anteil an Linienflügen bei 78 % und diese Zahl machte deutlich, daß Spanair faktisch eher zu einer Liniengesellschaft mutiert war. Ab 2002 schienen die ersten MD-80 farblich neutralisiert zu sein und sollten mit Zulauf weiterer Airbusse höchst wahrscheinlich ausgemustert werden. Im Januar 2003 setzten Spanair u.a. 11 MD-82, 23 MD-83 und 3 MD-87 ein. Alleine im Jahr 2003 sollen drei MD-83 und drei MD-87 die Flotte verlassen haben. Alle drei MD-87 sollten seit Anfang 2003 nicht mehr bei Spanair im Einsatz sein und wurden für ihren weiteren Einsatz bei AeroMexico vorbereitet. Zuvor gab es Gerüchte, daß die drei MD-87 eventuell von der Iberia übernommen werden könnten. Somit reduzierte sich durch die vorläufige Planung bei Spanair, die MD-80-Flotte im Jahr 2003 auf 31 MD-82/-83, wobei im Juni 2003 noch immer eine MD-87 der Spanair gesichtet wurde.

Spanair wollte ursprünglich nach offiziellen Meldungen ihre MD-80-Flotte bis Ende 2006 durch A319/320/321 ersetzen und so ist es überraschend, daß sich die Spanair-Tochter AeBal ("Spanair Link") für Boeing 717-Fluggerät entschieden hatte. Die 717-Flotte sollte mittelfristig „und so schnell wie möglich“ um elf weitere 717 aufgestockt werden - zu diesem Zeitpunkt standen vier Boeing 717 im Einsatz. Langfristig wollten AeBal (Aerolineas Baleares) 21 Boeing 717 einsetzen und die Tochtergesellschaft schien mit ihren Boeing 717 sehr zufrieden zu sein und lobte besonders die „exzellente Kombination von Wirtschaftlichkeit und Kapazität“. Die Fluggesellschaft sollte in Zukunft ihren Beitrag in der "Star Alliance" leisten und in Zusammenarbeit mit den anderen Fluglinien in dieser Allianz operieren. Spanair trat am 01.04.03 der Star Alliance offiziell bei.

Die Zusammensetzung der MD-80-Flotte von Spanair unterlag großen Schwankungen und rückblickend auch stark gemehrt durch teilweise widersprüchliche Meldungen. So galten Spanair als möglicher Kandidat für die Übernahme aller A321 von SAS, da (nach damaliger Ansicht) die A321 "nicht für das SAS-Streckennetz geeignet ist" (zu groß).

Von der einst kleinen MD-87-Teilflotte trennte man sich offiziell, wobei eine MD-87 bis zur Ausmusterung weiterhin eingesetzt wurde.

In der zweiten Hälfte des Jahres 2005 überraschten Spanair u.a.. dadurch, daß nun doch wieder MD-87 eingesetzt wurden. Es handelte sich dabei um fünf MD-87, die von Iberia geleast wurden. Weitere elf MD-87 sollten von SAS übernommen werden. Der recht zügige Flottenaufbau mit MD-87 stand sehr konträr zu den vorherigen Meldungen, dass man die MD-80 ausmustern wolle und hier besonders die MD-87 nicht ins Konzept passen würde. Der massive Ausbau erlaubte eine generelle Ausweitung des Flugprogramms, zusätzlich bauten Spanair Link (AeBal) ihre Boeing 717 durch Übernahme von verfügbaren Boeing 717 weiter aus.

Die Spanair-Flotte setzte sich allgemeinen Informationen nach im April 2008 aus neun MD-82, 12 MD-83 und 11 MD-87 zusammen. Zusätzlich kamen 19 Airbus A320, fünf A321-200ER und acht Boeing 717 zum Einsatz. Erwähnenswert mag sein, dass Spanair die Größe ihrer MD-83-deutlich reduzierten, während die MD-87-Flotte einen relativ hohen Anteil einnahmen. Weiterhin wurden die MD-80 zumeist mit 149 oder 170 Sitzplätzen eingesetzt, während die MD-87 offiziell 120 Fluggästen Platz boten. Die SAS hielt aktuell (Sommer 2008) fast 95% der Anteil an Spanair. Ein Verkauf der Spanair seitens der SAS wurde forciert, wobei die Bemühungen nicht erfolgreich bzw. die Konditionen für SAS nicht ideal waren. Zeitweise galten Iberia als potentieller Käufer der Spanair - bei erfolgreichem Kauf wären ironischerweise sehr wahrscheinlich wieder eine große Anzahl von MD-80 bei Iberia zum Einsatz gekommen.

Verschiedene Quellen berichteten, dass Spanair im September und Oktober 2008 ihre Flotte um bis zu 15 Flugzeuge (hauptsächlich MD-87) reduzieren würden und bis zu 900 Arbeitsplätze bedroht sind. Spanair reagierten mit diesen Maßnahmen auf eine allgemein als schwierig eingestufte wirtschaftliche Situation. Kritiker meinten, dass Spanair in den letzten Jahren sich vergeblich und verlustreich als Konkurrent gegenüber Iberia behaupten wollte und dies schlicht nicht so gelang, wie erhofft. Unbestätigt operierten Spanair seit einigen Jahren defizitär.

Bis März 2009 wurden durch weitere Anpassungen zusätzliche Reduzierungen bei der MD-80-Flotte umgesetzt. So sollten nur noch zwei MD-82, sechs MD-83 und 15 MD-87 im Einsatz stehen. Weitere Reduzierungen erschienen nicht unwahrscheinlich.

Spanair stellten mittlerweile ein neues Farbschema vor und am 19.08.2009 melden Nachrichtenagenturen, dass Spanair ab 2010 elf zusätzliche Airbusse übernehmen werden und zeitgleich eine gleiche (?) Anzahl an MD-80/-87 mit Auslaufen der Leasingverträge ausgemustert werden.