Das "Sun King"- Logo der Southeast Airlines ist möglicherweise vielen vertraut, führte doch National Airlines schon 1968 dieses Emblem ein. Das Logo wurde nach der Übernahme der National Airlines durch die Pan American World Airways im Jahre 1980 verkauft. Anfang der 1990er Jahre wurde das Logo von Key Air International verwendet, die mit Boeing 727-100 und später mit von GPA angemieteten MD-83 Charterflüge durchführte.

Southeast Airlines setzten u.a. zwei (ex- Korean Air) MD-82 sowie zwei (ex- Air Aruba) MD-88 ein. Alle MD-82/-88 boten jeweils 165 Sitzplätze und wurden sehr intensiv im Auftrag großer US-Reiseveranstalter eingesetzt. Hauptsächlich wurden Passagiere von diversen US-Städten in die Karibik, nach Mexiko und nach Florida befördert. Zusätzlich führt Southeast Airlines "Kasinoflüge" durch. Das Unternehmen führte neben diesen Charterflügen auch „reguläre Charterflüge“ durch, die den Anschein von Linienflügen hatten. Die MD-80 wurden durch sechs DC-9-32 ergänzt. Diese Flugzeuge boten alternativ entweder 56 Passagieren oder 110 Fluggästen Platz. Interessant ist in dieser Hinsicht, dass Southeast Airlines die vier neuesten DC-9-32 übernahm und einsetzte, die im August 1982 das Werk in Long Beach verließen. Diese vier DC-9 wurden von der US Airways erworben, die sich bekanntlich Mitte August 2001 von ihren DC-9 trennte. Southeast Airlines offerierten sehr häufig günstige und günstigste Flugtickets.

Southeast Airlines plante nach Aufbau ihrer MD-80-Flotte vorerst keine Erweiterung dieser Teilflotte und setzte eher auf Konsolidierung. Mit Einführung der MD-80 modifizierte die Fluglinie ihren Schriftzug und den farblichen Übergang zwischen dem weißen Rumpf und der schwarzen Heckpartie. Der Bugbereich unter den vorderen Cockpitfenstern ist schwarz gehalten - so sollte die Blendung der Piloten reduziert werden.

Am 30. November 2004 stellt Southeast Airlines abrupt ihren Flugbetrieb ein, nachdem finanzielle Probleme eine Fortführung nicht mehr ermöglichten. Offiziell wurden gestiegene Kerosinkosten und die geringen Erträge auf den von ihr bedienten Routen als Grund der Probleme genannt.

Dieser Zusammenbruch führte zu einer höheren Anzahl von gestrandeten Fluggästen. Zum Zeitpunkt der Flugbetriebseinstellung gehörten sieben DC-9 und die vier MD-80 zur Flotte der Southeast Airlines.