Nach dem Einstieg seitens der Avianca wurde die Entscheidung getroffen, dass SAM Colombia ergänzend zur ihren Avrolinern auch die MD-83 einsetzen sollte. So wurden insgesamt drei MD-83  von SAM eingesetzt, die allesamt von Avianca zur Verfügung gestellt wurden. Andere Quellen sprechen von zwei MD-83. Alle Flugzeuge erhielten das vollständige Farbkleid der SAM und das Unternehmen bediente weiterhin ein dichtes und wichtiges nationales Streckennetz. Avianca waren in dieser Phase im Umbruch und neben der Integration von SAM sollten u.a. ACES Colombia und Helicol sowie Avianca Carga unter der „Allianza Summa“ („Sistema Avianca“) in enger Abstimmung und mit abgestimmten Farbschema ein engmaschiges Streckennetz anbieten. In der Zwischenzeit trennte man sich aber von allen Avrolinern, übernahm dafür ersatzweise Fokker 50 der Avianca, die aber weiterhin in den Farben von Avianca eingesetzt wurden. Diese Avianca-Epoche endete 2002. Weiterhin sind Avianca aber Eigentümer von SAM Colombia und SAM setzen höchst wahrscheinlich alle fünfzehn Fokker 100 ein, die von Avianca eingesetzt werden. Die MD-83 wurden an Avianca retourniert und dort weiterhin eingesetzt. Avianca trennte sich sich bis Mitte 2011 von ihren letzten MD-83.