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Durch Integration der Japan Air System MD-81/-87-Flotte gesellte sich JAL in der ersten Hälfte der 2000er zum Nutzerkreis dieser Baureihe. Die lange Einsatzhistorie der MD-80 bei JAS ab 1981 sollte operationell erhebliche Vorteile bringen. Im Winter 2004 führten aber mehrere schwere Zwischenfälle zu einer temporären Stilllegung der gesamten damals aus 25 Flugzeugen bestehenden MD-80-Flotte. Zu diesem Zeitpunkt waren alle MD-80 schon im Dienste der JAL, rechtlich gesehen sollte aber die vollständige Integrierung erst im April 2004 erfolgt sein.
Bemerkenswert war die zeitlich eng begrenzte Abfolge von Zwischenfällen. Begonnen hatte es mit dem Kollaps des Hauptfahrwerks einer MD-81 am 01. Januar 2004 bei einer Landung in Tokunoshima. Nur fünf Tage später – also am 06. Januar – musste eine MD-81 ihren Startlauf in Fukuoka aufgrund von Vibrationen der Triebwerke abbrechen. Am 07. Januar ereignete sich bei einer MD-87 nach einem Abflug in Kagoshima sehr ähnliche Probleme mit daraus resultierender Rückkehr zum Flughafen. Überprüfungen dieser betroffenen Flugzeuge zeigen Beschädigungen und Risse bei Triebwerkskomponenten und es folgten Überprüfungen bei allen MD-80 der JAL/JAS.
Die Entdeckung von Rissen und Beschädigungen in Triebwerksschaufeln der JT8D-217A/C-Triebwerke bei 17 Flugzeugen führten am 19. Januar 2004 zu einer Stilllegung der gesamten MD-80-Flotte. Diese Maßnahme führte zu deutlichen Behinderungen im Flugbetrieb, da relativ viele Strecken primär mit der MD-80 bedient wurden. Die Überprüfungen ergaben, dass 17 MD-80 und 19 Triebwerke Beschädigungen aufwiesen. Die japanische und US-amerikanische Luftfahrtbehörde leiteten sofort Ermittlungen zu den möglichen Ursachen ein und informierten andere Nutzer der MD-80 über mögliche Probleme mit Triebwerken. Der erste Zwischenfall mit Fahrwerkskollaps konnte unterdessen von den anderen Ereignissen abgegrenzt werden – hier gab es keinen Zusammenhang.
Sehr schnell konnte der Triebwerkshersteller Pratt & Whitney durch schnelle Überprüfungsmaßnahmen feststellen, dass die Ereignisse sich einzig auf die MD-80 der JAL/JAS beschränkten. Kein anderer MD-80-Nutzer stellte derartige Probleme fest. Durch intensive Überprüfungen und Anmiete von Ersatztriebwerken konnten innerhalb weniger Tage zwölf MD-80 wieder in Dienst gestellt werden und Planungen sahen die Wiederinbetriebnahme von 17 Flugzeugen bis Ende Januar 2004 vor. Sorgen bereitete dem Triebwerkshersteller, dass die Einsatzhistorie der JAS/JAL bisher eine extrem hohe Zuverlässigkeit der Triebwerke aufzeigte – mit dem Ziel als Standard, überhaupt keine Triebwerksabschaltungen im Flugbetrieb umsetzen zu müssen. Diese plötzlich auftretenden Probleme waren subjektiv betrachtet somit umso besorgniserregender.
Ab dem 22. Januar 2004 konnten 79 der 138 laut Flugplan geplanten MD-80-Flüge wieder umgesetzt werden und bis Ende Februar 2011 sollte der gesamte Flugbetrieb wieder ordnungsgemäß umgesetzt werden können.
Zum 07. Februar 2004 sollten alle 18 MD-81 und acht MD-87 wieder flugbetriebsbereit sein und ab 08. Februar ihr ganz normales Tagespensum wieder absolvieren.
JAL/JAS, der Triebwerkshersteller und die nationalen Luftfahrtbehörden konnten erfolgreich recherchieren, dass einzig Triebwerkskomponenten/Triebwerke von den Problemen betroffen waren, die bei einer Tochterfirma von Pratt &Whitney in Singapur gewartet wurden. Sämtliche dort gewartete Triebwerke zeigten die Beschädigungen, die dann zu den Zwischenfällen im Flugbetrieb führten. JAS lagerten detaillierte Wartungen bestimmter Triebwerkskomponenten an diese Tochterfirma von P & W aus und erwartete zweifellos eine tadellose Betreuung ihrer Triebwerke – zumal es sich um eine Tochtergesellschaft des Triebwerkherstellers Pratt & Whitney handelte.
Unabhängig von der Ursachenfindung zeigte sich, dass über diese Zwischenfälle in der nationalen Presse und Medien relativ stark berichtet wurde. Der lange Einsatzzeitraum der MD-80 wurde (nicht positiv) erwähnt, gleichzeitig bewusst oder unbewusst das Szenario erzeugt, dass alle MD-80 1981 in Dienst gestellt wurden und somit schon seit 23 Jahren im Einsatz stehen würden und dies zu den Problemen geführt hätte. Eine historische Betrachtung der JAS MD-80-Flotte zeigt unabhängig davon aber ein ganz anderes Bild auf: tatsächlich wurden die ersten acht MD-81 sehr zügig 1981/82 an die damalige TDA ausgeliefert, weitere 17 MD-81 ab 1985 bis 1994. Die MD-87-Flotte fand zwischen 1988 und 1992 Einzug in die JAS-Flotte. Der neue Eigentümer JAL nährte die Negativhaltung indirekt durch ihre zeitlich kurz darauf bekannt gewordene Ankündigung, dass die MD-80 sehr bald ausgemustert werden und ersetzt werden sollten, quasi für die Medien als „Reaktion“ der Ereignisse. Der normal geplante Ersatz der MD-80-Flotte und die gewünschte Straffung der kombinierten JAL/JAS wirkte fortan in dieser Phase nicht als normale Entwicklung, sondern teilweise unter den vermeintlichen Eindrücken einer unzuverlässigen und veralteten MD-80-Flotte. Objektiv entbehrten diese Tendenzen und Feststellungen auch hier jeder Grundlage.
JAL trennten sich nach rund 20 Jahren Einsatzzeit von der letzten MD-87 im Frühjahr 2008, während im Herbst 2010 die letzte MD-81 ausgemustert wurde. Die MD-80-Serie war von 1981 bis 2010 in Japan mit Ausnahme der Ereignisse im Januar 2004 äußerst zuverlässig und populär im Einsatz – 29 Einsatzjahre.
Diese Leistung können diverse andere alternative, aber vergleichbare Flugzeugtypen nicht vorweisen.