Die MD-88 ermöglichten der Fluggesellschaft u.a., die neu eingerichteten Linienkurse ab Milwaukee nach Kalifornien nonstop durchzuführen. In dieser Zeitphase stellten die beiden MD-88 den mit Abstand größten Flugzeugtyp in der von DC-9-10 und DC-9-30 dominierten Flotte dar. Midwest Express etablierte sich erst 1984 mit DC-9-10 und konnte innerhalb weniger Jahre ihren Ruf als Fluggesellschaft mit Service (Slogan "The Best Care In The Air") aufbauen und festigen.

Ab 1998 übernahm Midwest Express acht MD-81 von der Japan Air System; es folgte im Februar 2000 noch eine weitere MD-81, die ehemals bei der SAS im Einsatz stand. Einige MD-81 wurden (für die längeren Strecken an die Westküste der USA) auf MD-82-Standard aufgerüstet. Alle MD-81 und MD-82 bieten 116 Passagieren Platz. Die Fluggesellschaft hat sich nach einer sehr langen Evaluierungsphase für die 717 als Ergänzung und späteren Ersatz ihrer betagten DC-9-10/-30-Flotte entschieden. Die MD-80 sollten auch weiterhin eingesetzt werden, obwohl Midwest Express auch in guten Zeiten zeitweise Probleme hatte, die gegenüber ihren DC-9-Serien deutlich größere Kapazität der MD-80-Serie sinnvoll auszulasten. Insgesamt sollten 50 717-200 an die Midwest Airlines ausgeliefert werden. Dieser Plan wurde aber wieder verworfen und es kamen nur die 25 fest bestellten Boeing 717 zur Auslieferung. Außerdem kam es zu einer Produktdifferenzierung: Während der bekannte Servicestandard als "Signature Service" weiterhin angeboten wird, so werden einige MD-82 und MD-88 mit einer normalen Standardbestuhlung unter der Bezeichnung "SkySaver" eingesetzt.

Ab 01.01.2003 firmiert Midwest Express unter der neuen Bezeichnung Midwest Airlines. Als Hauptgrund wurde bekannt, dass man die Bezeichnung "Express" in den USA mit einem Regionalzubringer assoziieren würde und somit der alte Name nicht der Realität entsprach. Mit der Namensänderung wurde auch ein neues Farbschema und ein neues Logo eingeführt.

Die Fluggesellschaft forcierte Ende 2002 die Gründung einer Low-Cost-Division ("Skysaver"), die mit MD-80 der Muttergesellschaft ihre Dienste anbieten sollte. Hierbei sollte ein Teil der MD-80 mit normaler Konfiguration eingesetzt werden und hier primär  touristische Ziele in Florida/USA etc. effizienter bedient werden. Gleichzeitig hielten Midwest Airlines an ihrem Kerngeschäft als Gesellschaft für Geschäftsreisende fest. Es erschien aber so, dass Midwest Airlines ihr Serviceangebot in dieser Zeitphase insgesamt merklich reduzierte und dies in allen angebotenen Märkten. Die Folgen nach dem 11.09.2001 erschütterten auch Midwest Airlines und die Flottenerneuerung durch Lieferung von Boeing 717 als Ersatz der DC-9-Flotte führte zu sehr hohen finanziellen Belastungen.

Midwest Airlines konnte im Herbst 2003 trotz massiver finanzieller Probleme einen Konkurs abwenden. Die generell schwache oder veränderte Nachfrage nach Flügen führte zu hohen finanziellen Verlusten. Im Oktober 2003 kursieren dennoch Gerüchte, daß Midwest Airlines eventuell weitere MD-80 - hier die Version MD-83 - angeschafft werden könnten.

Das traditionelle Geschäft von Midwest Airlines hat sich in den letzten Jahren verändert und ihr Augenmerk sich auch auf andere Geschäftsbereiche verstärkt verlagert. Einerseits wurde das Regionalgeschäft der Tochtergesellschaft "Skyways" ausgebaut und gefestigt und das Einsatzprofil des Großteils der MD-80-Flotte hat sich zumeist auf "Skysaver"-Flüge verschoben. Nur wenige MD-80 sind für traditionelle "Signature Services" eingeplant. Finanzielle Probleme plagten Midwest Airlines und die Tatsache, daß es zunehmend sehr schwer wurde und weiterhin ist, sich als selbstständige Fluggesellschaft mit derartigem Profil und Umfeld zu behaupten. Ungeachtet dieser Probleme machte Midwest Airlines aber in den letzten Jahren mehrfach deutlich, daß man flottenpolitisch nach einem Ersatz der MD-80 suchen würde. In der Fachpresse wurden hier Airbus A320 oder Boeing 737NG genannt. Zwei MD-81 wurden unterdessen verkauft, da man diesen Flugzeugtyp "weder auf Skysaver- noch Signature Services optimal einsetzen konnte".

Im Dezember 2006 überraschte Midwest Airlines mit der Erklärung, daß man zwei MD-88 anmieten würde. Dadurch würde sich die MD-80-Flotte von elf auf 13 Flugzeuge erhöhen. Die MD-88 sollen für den weiteren Ausbau der Skysaver-Flüge verhelfen. Die gute Reichweite der MD-88 und ein akzeptables Nutzlast-/Reichweitenverhältnis ermöglichen Midwest Airlines, ab Milwaukee nonstop nahezu die Bereiche der USA (ausgenommen Hawaii und Alaska) bedient werden können. Ab Mitte 2007 sollen die beiden zusätzlichen MD-88 in die bestehende Flotte eingeführt werden. Gerüchte besagen, daß diese beiden Flugzeuge nur für einen eher kurzen Zeitraum geleast sind und nur eine Interimslösung bis zur Lieferung eines Ersatzmusters der MD-80 darstellen werden. Midwest Airlines nimmt an, daß die beiden zusätzlichen MD-80 40 bis 50 Millionen US $ zusätzliche Einnahmen genieren werden.

Mittelfristig war aber offiziell weiterhin geplant, einen Ersatz der MD-80-Flotte einzuführen.

Midwest Airlines entschlossen sich, ihre beiden Produkte „Signature Service“ und „Saver Service“ zusammenlegen. Bis Herbst 2007 sollen alle MD-80 und bis Mitte 2008 die gesamte Boeing 717-Flotte neu konfiguriert werden. Die neuen Konfigurationen sehen für die MD-80 eine Bestuhlung von 12 Signature-Sitzen und 132 Saver-Sitzen (also insgesamt 144 Sitzplätzen) vor, während die Boeing 717 in Zukunft mit 40 Signature- und 59 Saver-Sitzen (also insgesamt 99 Sitzplätze) unterwegs sein sollen. Dieser Schritt wird dazu führen, dass der Sitzplatzabstand bei den Singnature-Sitzreihen sich weiter erhöht, aber die Gesamtanzahl sich zugunsten einer Saver-Klasse reduzieren wird. Midwest Airlines verwies aber darauf, dass sich der Gesamtkomfort trotz dieser Änderung nicht verschlechtern, sondern verbessern wird und dies für alle Fluggäste. Die Erhöhung der Kapazität bei der Boeing 717 von 88 auf 99 Sitzplätze soll in mehrfacher Hinsicht Vorteile bringen. Midwest Airlines können auf stark nachgefragten Strecken eine erhöhte Kapazität anbieten und verlorene Marktanteile wieder gewinnen, die Erhöhung der Kapazität um jeweils 12,5 % pro Flugzeug wird die Kosten pro Passagier um weitere 6,3 % senken.  Passagiere, die auf 717-Flügen den vollen Tarif zahlen, werden automatisch in den Genuss des Signature Service kommen, auf MD-80-Flügen wird dieser Service gegen einen kleinen Aufpreis erhältlich sein. Weiterhin werden die MD-80 wahrscheinlich eher auf längeren Flügen eingesetzt, wo primär Urlauber die Klientel stellen.

Midwest Airlines bestätigten am 20.06.2008 zuvor kursierende Gerüchte über eine vollständige Stilllegung der gesamten MD-80-Flotte.

Diese Maßnahme wird die Flottengröße um knapp 30% reduzieren und die mögliche Entlassung von 25% des Flugpersonals bedeuten. Midwest Airlines-Sprecher Michael Brophy soll gesagt haben: "(the MD-80) is a very fuel inefficient airplane and at the cost of fuel today it's just become economically infeasible to operate these planes."

Midwest Airlines setzen aktuell (2008) nach mehrheitlichen Angaben 12 MD-80 ein.  Unbestätigten - aber zahlreichen Meldungen nach - sollen sich Midwest Airlines aktuell in sehr schwierigen finanzieller Situation befinden. Ein Teil der derzeit mit MD-80 durchgeführten Flüge soll mit Boeing 717 durchgeführt werden, wobei dies durch eine Ausdünnung des derzeitigen Boeing 717-Einsatzprofils erfolgen soll. Gleichwohl wird aber die Entfernung von 12 Flugzeugen dramatische Auswirkungen auf den Flugbetrieb und die Mitarbeiterzahlen haben, da knapp über 30% der Gesamtkapazität wegfallen wird.

Es darf angemerkt werden, dass es widersprüchliche Meldungen darüber gibt, inwieweit die Maßnahme von Midwest Airlines etwas mit der "Unwirtschaftlichkeit" der MD-80 zutun hat und wie stark die Entscheidung möglicherweise als verzweifelter Versuch zur Rettung des Unternehmens gesehen werden könnte?

Es erscheint legitim, dass die MD-80 nach heutigen Maßstäben und unter aktuellen Umständen durch ihren höheren Kerosinverbrauch Kopfzerbrechen erzeugen könnte. Gleichzeitig ergeben sich aber berechtigte Zweifel, ob Midwest Airlines in ihrer derzeitigen Situation mit moderneren Flugzeugen tatsächlich in einer wirtschaftlich besseren Situation wären. Es existieren zumindest Indizien, dass Midwest Airlines Probleme haben, Ihr Gesamtprodukt wirtschaftlich  anzubieten. Je nach Bedarf werden zwei bis drei MD-80 von Midwest für Linienflüge zu Ferienzielen eingesetzt, die anderen neun MD-80 zumeist auf normalen Linienflügen, die sich teilweise durch eine relativ große Streckenlänge auszeichnen. Das Einsatzprofil der MD-80 bei Midwest Airlines trug und trägt nicht zu einer Verbesserung der Ertragssituation bei, da die Erträge pro Fluggast deutlich untere denen der Boeing 717 lagen und liegen. Eine Maßnahme war u.a. die Erhöhung der Sitzplatzkapazität der MD-80 von 112/116 auf 147 (bzw. 144) Sitzplätze.

Es darf angezweifelt werden, ob aktuell der Einsatz von Airbus A320 oder Boeing 737-800 (mit günstigeren Kosten pro Sitzplatz/niedrigerem Kerosinverbrauch) für Midwest Airlines aktuell günstiger wäre, da das Unternehmen für derartige Flugzeuge erheblich mehr finanzielle Mittel aufwenden müsste und Gerüchten nach Midwest Airlines nur noch "Barmittel für 60 Tage hätte". Es gibt nicht wenige, die eine zweijährige Ersatzsuche für die MD-80 als zu lang und die Anmiete von zwei weiteren MD-88 als Notlösung ansahen und sehen. Grundsätzlich wird nicht selten die Frage aufgeworfen, ob Midwest Airlines sich in den letzten Jahren nicht auf zu viele Märkte konzentriert hat und nicht auf ihr Hauptgeschäft. Wieder andere meinen, dass der traditionelle Markt mit Geschäftsreisenden und 2+2-Konfiguration nicht überlebensfähig sei. So oder so darf man annehmen, dass der starke Ausbau der Strecken zu Urlaubszielen mit MD-80 auch eine Form von "Notlösung" war, da - wie weiter oben auf dieser Seite schon beschrieben - die MD-80 nur teilweise tatsächlich effektiv auf traditionellen Routen eingesetzt werden konnte und die einst wachsende MD-80-Flotte Überkapazitäten generierten.

Unbestätigten Informationen nach werden die zwölf MD-80 sehr zügig ausgemustert werden. Die ersten zwei MD-80 werden im August 2008 die Flotte verlassen und schon Ende September 2008 sollen keine MD-80 mehr eingesetzt werden. Es ist denkbar, dass diese Ausmusterung die schnellste Reduzierung unter MD-80-Betreibern zu werden scheint.

Unbestätigt soll am 08.09.2008 die letzte MD-80 ausgemustert worden sein, wobei weiterhin Chartereinsätze je nach Bedarf durchgeführt wurden.