Vorgesehen war die Betriebsaufnahme für Frühjahr 1988, aber Jet Alsace erhielt erst im Oktober 1988 die notwendige Betriebslizenz, da u.a. der Absprung des bisherigen Hauptinvestors (?) Nouvelles Frontières sich nachteilig auf die Jet Alsace auswirkte. Mit je einer von Minerve kurzfristig angemieteten MD-83 (und DC-8-53) wurde ab 15. November 1988 der Flugbetrieb viermal pro Woche zwischen Basel/Mulhouse und Paris-Orly durchgeführt, wobei es aufgrund von Slotproblemen zu zum Teil erheblichen Verspätungen gekommen sein soll. Ab Mitte Mai 1989 konnte mit einer weiteren MD-83 der Minerve das Streckennetz um die Ziele Heraklion, Izmir, Monastir, Palma de Mallorca und Stockholm erweitert werden. Am 10. Juli 1989 soll die verlustbringende Linie nach Paris aufgegeben worden sein.

Obwohl ursprünglich Jet Alsace im Januar und März 1989 jeweils eine fabrikneue MD-83 erhalten sollte, wurde erst am 27.07.89 eine dieser beiden MD-83 übernommen und erhielt den Namen „Le Rhin“. Finanzielle Engpässe führten dazu, daß die zweite bestellte MD-83 nicht planmäßig über die Minerve übernommen werden konnte. Als Alternative konnte Jet Alsace dann aber eine MD-83 von ILFC anmieten, die zuvor bei BIA im Einsatz stand. Dieses Flugzeug wurde dann vorerst in einer Hybridbemalung eingesetzt.

Weiterhin musste aus finanziellen Gründen die Vergrößerung de Flotte um eine dritte MD-83 verzichtet werden, Pläne zum Einsatz von Boeing 767-300ER wurden ebenfalls verschoben und eine ab Frühjahr als eng bezeichnete Zusammenarbeit mit der Balair ("Balair France") konnte nicht in die Tat umgesetzt werden. Andererseits schaffte es Jet Alsace im Zeitraum 1990 einen Großteil des Charterverkehrs ab Basel und ab Straßburg für sich zu sichern. Pläne, ein umfassendes Liniennetz aufzubauen, wurden weiterhin verfolgt. Ab Basel sollten Flüge nach Athen, Berlin-Tegel, Budapest, London-Gatwick, Palma de Mallorca, Prag und Warschau etabliert werden und auch Paris-Orly sollte wieder im Linienverkehr bedient werden. Große Unterstützung für dieses Vorhaben erhielt Jet Alsace vom Flughafen Basel selber und über die in Basel beheimatete "Esco-Reisen". Dennoch kämpfte Jet Alsace besonders in den Wintermonaten mit zum Teil erheblichen Überkapazitäten, da zeitweise aufgrund der geringeren Nachfrage nur sehr wenige Charterketten zu den Kanaren und nach Ägypten durchgeführt werden konnten.

Die Fusion von Minerve mit Air Outre Mer zur AOM French Airlines erschwerte die Situation für Jet Alsace und führte dazu, daß die AOM French Airlines die Jet Alsace abstoßen musste oder wollte. Im Februar 1992 konnte mit "Heli-Inter"/Business Express ein Kaufvertrag unterzeichnet werden und Jet Alsace schien vorerst gesichert zu sein.

Mit drei MD-83 in einem neuen Erscheinungsbild sollte ein Neuanfang möglich sein. Diese Pläne konnten aber nicht so umgesetzt werden und in der Sommersaison 1992 musste Jet Alsace nahezu vollständig ihre Kapazitäten von anderen Fluggesellschaften anmieten, da sie kein eigenes Fluggerät mehr hatte und der Leasinggeber GPA der Jet Alsace aus finanziellen Erwägungen nur ein einziges Flugzeug vermieten wollte, obwohl das Flugprogramm zumeist drei Flugzeuge erforderte. Mit der Adria Airways war die Anmietung einer MD-82 geplant, aber nur für eine sehr kurze Zeit (bis Herbst 1992) war dieses Flugzeug bei Jet Alsace im Einsatz. Pläne zur Übernahme sämtlicher drei Airbus A320-200 der Adria Airways mussten ebenfalls aufgegeben werden und es konnten nur ca. knapp über zwei Drittel der geplanten Charterketten ausgeführt werden. Trotzdem konnte Jet Alsace im Jahr 1992 mehr als 100 000 Passagiere ab Basel begrüßen.

Im Frühjahr 1993 zeigte sich offiziell die finanziell sehr prekäre Lage in der Bilanz von Jet Alsace. Doch nur wenig später erschien im April 1993 ein ägyptischer Investor und plante, die Jet Alsace zu übernehmen. Nur einen Monat später genehmigten die französischen Behörden die Übernahme durch das Unternehmen "Transcapital Holding" und der Name Jet Alsace wurde in Trans Alsace geändert. Der Flugbetrieb konnte vorerst mit zwei MD-83 fortgesetzt werden.