Im Juni 1994 übernahm JAS die letzte fabrikneue MD-81 und mit den 34 MD-81/-87 wurde ein Großteil der 22 DC-9-41 ersetzt. Mit Auslieferung der MD-87 änderte man auch den ehemaligen Unternehmensnamen von TDA Toa Domestic Airlines in JAS Japan Air System zum 01.04.1988. Die ersten JAS-Flugzeuge flogen aber noch ohne „JAS“-Logo auf den Leitwerken, da die „Japan Agricultural Standard“ ebenfalls die Abkürzung „JAS“ nutzte. Man einige sich aber und Japan Air System versah dann ihre Flugzeuge mit ihrem neuen stilisierten Dreibuchstaben-Logo. Damit wollte das Unternehmen auch nach außen deutlich machen, daß sie durch die Genehmigungen der japanischen Regierung jetzt auch internationale Ziele ansteuern durfte. JAS übernahm am 31.05.1988 ihre erste MD-87 - es war die 500ste MD-80 der Gesamtproduktion gewesen. Diese erste MD-87 traf am 09. Juni 1988 in Tokyo ein. Ihre ersten kommerziellen Einsätze sollen ab Juni 1988 ab Osaka (Itami) stattgefunden haben. Dieser Meldung widerspricht aber der Angabe von JAL, dass der erste kommerzielle Einsatz am 16. Juni 1988 auf der Strecke Tokyo-Obihiro erfolgt sein soll. Ihre 20-ste MD-81 sollte auch die 750-ste MD-80 überhaupt sein und diese wurde am 23.07.1990 geliefert.

Zu den internationalen Destinationen gehörten zum Beispiel die Ziele Singapur, Seoul und Honolulu. Für diese Routen erwarb JAS zwei fabrikneue DC-10-30. Der Kauf dieser DC-10 sollte nebenbei auch das Handelsdefizit zwischen Japan und den USA reduzieren. JAS erweiterte ihr Streckennetz international nach Honolulu, VR China, Hong Kong und Singapur, aber auch im Inland rasant und bot nun im Vergleich zu früher erheblich mehr Hauptstrecken an. Aber schon spätestens ab 1994/95 trat Ernüchterung bei JAS ein. Das Geschäft entwickelte sich nicht mehr so wie man erwartet hatte, auf internationalen Routen war die Konkurrenz (auch aus eigenem Land) zu stark. JAS stellte nahezu alle internationalen Routen ein – es blieb nur eine Verbindung nach Seoul. Die hauptsächlich weiterhin im Inland tätige JAS konfigurierte ihre MD-81 einheitlich mit jeweils 163 Sitzplätzen; in der MD-87 fanden in jedem Exemplar 134 Passagiere Platz. JAS wählte die Bestuhlung ihrer MD-81 so, daß sich keine hintere Bordküche im Bereich der hinteren Galley-Tür befindet. Bei der MD-81 und MD-87 befinden sich jeweils nur zwei Toiletten im hinteren Kabinenbereich - unpraktisch für die Passagiere, die vorne sitzen.

Ab 1996 kamen die ersten von 16 McDonnell Douglas MD90-30 zur Auslieferung und ersetzten die acht ältesten MD-81, die an die US-Fluglinie Midwest Express verkauft und auf MD-82-Standard modifiziert wurden. Mitte der 1990er Jahre befanden sich JAS in einer kritischen finanziellen Lage und die finanziellen Belastungen zwangen die Airline auch dazu, die Auslieferung ihrer MD-90 um 12 Monate zu verschieben. Neben üblichen Kostensenkungsprogrammen wurde zudem auch die Bodenabfertigung ausgelagert und viele Mitarbeiterverträge in Saisonverträge umgewandelt. Trotz zögerlicher Versuche ist aber in Japan der Luftverkehr nicht wirklich dereguliert und es bestehen noch Flugpreisbindungen auf bestimmten Strecken, die oftmals von staatlicher Seite betrieben werden müssen, da sie soziale Aufgaben erfüllen. Das System nannte sich „Double- and triple-tracking” und erlaubte den drei japanischen Fluggesellschaften, dass eine identische Route von zwei oder gar allen drei Fluglinien bedient werden konnte. Entscheidend für die Erweiterung auf zwei oder drei Luftverkehrsgesellschaften war, dass auf dieser dann individuellen Strecke ein vorher bestimmtes Minimum an Passagiervolumen vorhanden sein musste. Die strenge Kontrolle über Flugtarife wurde ebenfalls gelockert – ein wenig Konkurrenz sollte erzeugt werden.

Das Streckennetz der JAS war sehr dicht und durch zahlreiche japanische Inlandverbindungen geprägt. Japan Air System wurde ein ebenfalls früher Kunde der MD90-30. Zehn MD-90 bestellte JAS, später wurde die Order um weitere sechs MD-90 erhöht, sowie die Option für eine weitere MD-90 vereinbart. Die Option wurde nicht umgewandelt, aber 16 MD-90 kamen zur Auslieferung. Die MD-90 bietet in JAS-Konfiguration 166 Passagieren Platz. Ende 1996 standen vier MD-90 im Einsatz, die DC-9-40-Flotte schrumpfte schnell auf ganze fünf Einheiten, aber dennoch gehörte JAS zu den wenigen Fluggesellschaften, die gleichzeitig DC-9, MD-80 und MD-90 einsetzte. Zu diesem Zeitpunkt wurden aber noch 26 McDonnell Douglas MD-81 und 8 MD-87 intensiv eingesetzt, wobei mindestens eine MD-81 bei der Tochtergesellschaft Harlequin Air zum Einsatz kommt. Mit Zulauf von weiteren MD-90 konnten die letzten fünf DC-9-41 ausgemustert werden. JAS ergänzt mit ihren MD-80/-90 ihre sehr große A300-Flotte - tatsächlich ist JAS der größte Betreiber von Airbus A300 im Passagierdienst! 2002 wurde bekannt, daß JAS mit der JAL Japan Airlines fusionieren wird und Anfang 2003 wurde eine erste MD-87 mit der sehr nüchternen neuen Bemalung von JAL versehen.

Bis 2004 soll die gesamte Flotte der JAS in den Flugbetrieb der JAL integriert werden. Somit wird JAL auch ein Betreiber von MD-80/-90 und erstmals auch von Airbussen. JAL und JAS ergänzen sich grundsätzlich ganz gut, weil JAS sehr stark im Inland tätig ist und dort besonders auch kleinere Städte bedient. Seit mehreren Jahren arbeiten JAS und JAL (und ANA) schon auf den innerjapanischen Hauptstrecken zusammen. ANA- All Nippon Airways äußerte sich nicht begeistert über die Fusion der JAL mit JAS, weil die kombinierte JAL/JAS über eine marktbeherrschende Stellung im Inland und gleichzeitig auch über das große weltweite Streckennetz verfügen wird. Es ist wahrscheinlich, daß es im Zuge der Fusion zu einer Reorganisation kommt. So wurden in den nächsten Jahren die DC-10-40 und MD-11 der Japan Airlines ausgemustert, die letzten B747Classic ersetzt und die Kapazität angepasst und Überlappungen im Streckennetz. Es werden laut Planung auch die ältesten Airbus A300 der JAS im Zuge der Fusion ausgemustert.

Zu diesem Zeitpunkt hielt man es noch für undenkbar, mit welchen Problemen die JAL nur wenige Jahre später zu kämpfen haben wird.