Ab 01.04.04 traten weitere strukturelle Änderungen in Kraft. Die "Japan Airlines System" firmiert fortan als "Japan Airlines Corporation". Während nationale Flüge der "Japan Airlines Domestic" unterstellt wurden, sollten fortan sämtliche Internationale Dienste von "Japan Airlines International" durchgeführt werden.

JAL gaben ursprünglich bekannt, daß die MD-81/-87-Flotten bis zum Ende dieses Jahrzehnts im Einsatz bleiben würden (und danach der Ersatz eingeleitet wird). Zeitgleich wird bekannt, daß JAL die ältesten Airbus A300 durch zusätzliche Boeing 767-300ER ersetzen würden und Optionen untersucht werden, die Anzahl der Muster in der Flotte zu reduzieren.

Es erscheint so, dass JAL nach der Integration der MD-80-Flotte nur unerhebliche Änderungen beim Einsatzprofil dieser Muster durchführten. Vielmehr setzten JAL die MD-80 weiterhin auf den Routen ein, die JAS für dieses Flugzeugmuster vorsah. Auch wurden die MD-80 kabinenseitig nur sehr langsam an das Design der JAL angepasst. Zahlreiche MD-80 flogen und fliegen weiterhin mit dem Kabinendekor der JAS (u.a. farbenfrohe Sitzbezüge etc.).

JAL haben durch die Ausmusterung der DC-10- und MD-11-Flotten erste Schritte zur Bereinigung ihrer Flottenstruktur eingeleitet. Interessant mag sein, dass JAL die MD-11 am 02.11.04 nach nur knapp elf Einsatzjahren ausmusterte, während das Vorgängermodell DC-10 länger im Einsatz stand. Von den bis 2004 eingesetzten 16 verschiedenen Flugzeugtypen sollten durch Ausmusterungen dann bis Ende März 2008 nur noch elf Muster verbleiben. Die Straffung der Flotte wurde außerdem an eine Optimierung des Flugbetriebs gekoppelt. Ziel von JAL war es offiziell, den Flugbetrieb der JAL und JAS zu optimieren und „für jede Strecke das richtige Flugzeugmuster einsetzen“. Das bedeutete seinerzeit sehr wahrscheinlich, daß sich die MD-80/-90 noch stärker auf „Hauptnebenstrecken“ und Zubringerflügen zu den größeren Drehkreuzen konzentriert und auf stark ausgelasteten Strecken die Slots eher durch größere Flugzeuge genutzt wurden, falls überhaupt Bedarf an Kapazitätserhöhungen (Nachfragesituation) bestand. Zusätzlich wurden einige MD-81 an die JAL Express transferiert, die ihrerseits mit Boeing 737-400 ihren Flugbetrieb durchführte.

Die Flottenplanung sah vor, daß JAL eine absehbare Zeit parallel die MD-80/-90 und Boeing 737 einsetzen würden. Eine am 04.02.05 getätigte Bestellung für 30 Boeing 737NG sollte dann aber offiziell den ersten Schritt zur Ausmusterung der MD-80-Flotte einleiten, da offiziell die neuen Boeing 737 den Ersatz der MD-81/-87 und Boeing 737-400 ermöglichen sollten. Außerdem gaben JAL bekannt, dass man eine Anzahl von unrentablen Regionalstrecken einstellen würde.

Ende Januar 2007 wird bekannt, dass JAL im Laufe des Jahres 2007 ihre gesamte MD-87-Flotte ausmustern wird. Ursprünglich war geplant, daß einige dieser Flugzeuge noch bis ins Jahr 2008 eingesetzt würden. Als Ersatz werden fünf Boeing 737-800 in Tokyo-Haneda stationiert, dennoch zehn Inlandrouten dem Rotstift zum Opfer fallen.

Am 12.07.2007 berichtet die "Bangkok Post", dass One-Two-GO einen Deal mit JAL für 14 MD-80 unterzeichnet hat. Dadurch wird die MD-80-Flotte auf 22 MD-81/-82 und MD-83 anwachsen. Weiterhin gibt es Meldungen, dass One-Two-GO sämtliche acht MD-87 von JAL übernehmen könnte, die JAL unabhängig davon bis Ende 2008 ausmustern wird. One-Two-GO wird diese 14 MD-80 von JAL anmieten, mit der Option jedes Flugzeug für ca. 5 Millionen US $ käuflich zu erwerben.

Ende August 2007 wird gemeldet, dass JAL begonnen hat, eine erste MD-87 aus dem Verkehr zu ziehen und farblich zu neutralisieren.

One-Two-GO Airlines hat ihre erste MD-87 von JAL übernommen. One-Two-GO wird alle acht MD-87 sowie sechs MD-81 von JAL - Japan Airlines Domestic übernehmen. Im Frühjahr 2008 wird bekannt, dass JAL die vollständige Ausmusterung der verbliebenen MD-87-Flotte forciert.

Sehr wahrscheinlich standen ab Frühjahr 2008 nur noch zwei MD-87 (JA8280 und JA8281) im Einsatz und zum 29.02.08 wurden beide MD-87 aus dem regulären Liniendienst gezogen und dienten fortan für die nächsten Wochen als "back-up"-Flugzeuge. Hierbei ersetzten die MD-87 die MD-81 auf Linienkursen während regulärer Wartungsintervalle des letztgenannten Flugzeugtyps. Nach vorliegenden Informationen wurde dann plangemäß am 31.03.2008 der letzte kommerzielle Einsatz einer MD-87 in den Diensten der JAL durchgeführt. Mit dem Linienkurs JL1386 von Naki-Shirahama nach Tokyo-Haneda wurde die MD-87 dann endgültig ausgemustert. Die letzten beiden Flüge erhielten besondere Beachtung. Fotografien zeigen, dass Süßigkeiten am Gate verteilt wurden und Personal von JAL feierlich Broschüren verteilten (eine Art "Farewell-Broschüre - 20 Jahre MD-87, 1988-2008).

Bei der Abfertigung von Flug JL1386 waren dann - falls ich die Fotos richtig interpretiere - eine große Anzahl von JAL-Mitarbeitern anwesend und die Besatzung des letzten MD-87-Fluges posierte (zwei Piloten und drei Flugbegleiter) für Erinnerungsaufnahmen. Auf großen Plakaten war deutlich zu lesen, dass es der "letzte MD-87-Flug sei".

JAL setzen eine relativ zügige Verkleinerung der verbliebenen MD-81-Flotte fort. So sollen laut Plan alleine im Jahr 2008 weitere sechs MD-81 die Flotte verlassen. Dadurch wird die MD-81-Flotte von 18 auf 12 Einheiten verkleinert. Mit Lieferung von weiteren Boeing 737-800 und Embraer 170 ist es höchst wahrscheinlich, dass bis spätestens 2010 die gesamte MD-80-Flotte ausgemustert sein werden. Es ist anzunehmen, dass aufgrund aktuell angespannter wirtschaftlicher Lage und möglicher Überkapazitäten eine beschleunigte Verkleinerung der MD-80-Flotte möglich sein könnte. 

Ende 2009 werden im Zusammenhang mit dramatischen finanziellen Problemen und einer daraufhin forcierten Insolvenz weitreichende Umstrukturierungen bekannt. Obwohl die MD-80/-90-Flotte im Zusammenhang mit den dramatischen Einschnitten im Flugbetrieb nicht erwähnt wird, so erscheint es als recht sicher, dass die im Frühjahr 2010 aus neun Flugzeugen bestehende MD-81-Flotte sehr rasch ausgemustert werden könnten. JAL - einst einer der profiliertesten Boeing 747-Nutzer - planen unterdessen die Ausmusterung ihrer gesamten Boeing 747-Flotte innerhalb von nur zwölf Monaten und die Ausmusterung ihrer gesamten Airbus A300-Flotte.

Die MD-81 spielen bei JAL seit 2009 nur noch eine sehr ungeordnete Rolle und es ist zu erwarten, dass die Verabschiedung bald erfolgen wird. Die geringe Flottenstärke macht es zunehmend schwierig, die MD-80 bei JAL zu beobachten.