Iberia war der Erstbetreiber der Douglas DC-9-32 in Europa. Die DC-9-30 erfreute sich hoher Beliebtheit und zeichnete sich durch ihre erwiesenermaßen sehr robuste Rumpfstruktur aus. Dennoch stiegen aber mit der Zeit die Wartungskosten und Iberia suchte nach einem Ersatzmuster, obwohl noch 1987/88 mindestens eine zusätzliche DC-9-32 von KLM erworben wurde. Die Fluggesellschaft war ein sehr treuer Kunde von McDonnell Douglas, hatte aber aus flottenpolitischen Gründen keine MD-80 bestellt. Boeing kämpfte um eine Platzierung ihrer Boeing 737-300 bei Iberia und Gerüchten zufolge hatte Boeing auch ganz gute Chancen. Mitte 1986 wurde offiziell bekannt, dass Iberia die Airbus A320, Boeing 737-300/-400, BAe 146 sowie Fokker 100 und MD-87/-88 als mögliche Kandidaten für eine Bestellung evaluieren. Eine Bestellung würde bis Mitte 1987 erwartet und es ginge um 30 Flugzeuge. Pläne zur "Ausmusterung der alternden Douglas DC-9-Flotte" gipfelten im Dezember 1987 in einer Bestellung für 17 jeweils 117-sitzige McDonnell Douglas MD-87. Diese Bestellung leitete auch die dringend notwendige Flottenerneuerung ein und wurde höchst wahrscheinlich am 14. Dezember 1987 offiziell bekannt. Zeitgleich wurde eine Absichtserklärung für Airbus A320 und A340 bestätigt. Im März 1988 bestellte Iberia dann 15 Airbus A320 als (teilweisen) Ersatz der Boeing 727-200Adv.. Im August 1989 folgte ein Auftrag über weitere sieben MD-87 und kurz zuvor für sieben zusätzliche Airbus A320.

Alle 24 MD-87 wurden bis Mitte 1991 ausgeliefert. Iberia setzte ihre MD-87 seit Betriebsaufnahme mit 109 Sitzplätzen ein. Die erste MD-87 wurde am 06.04.1990 ausgeliefert. In Werbebroschüren wurde die Aussage gemacht, daß die MD-87 die ersten kommerziellen Flugzeuge ihrer Klasse wären, die über ein 21-screen Entertainment System verfügten. 127mm Monitore wurden installiert und jeder Monitor bedient je zwei Sitzreihen. Als Iberia 15 MD-87 einsetzte und neun weitere MD-87 erhalten sollte, flogen noch 24 DC-9-32 und fünf DC-9-33RC. Iberia entschied sich für eine 3+2-Konfiguration (in Flugrichtung) - üblich ist eher die 2+3-Bestuhlung. Der Grund liegt wohl darin, daß dadurch die hintere Bordküche größer ausfallen kann, weil hier die Breite der Galley um einen Sitz erhöht werden konnte, ohne daß die Länge der Galley zunahm. Dadurch fällt die hintere Bordküche größer aus. Die Besatzung setzt sich aus zwei Piloten und bis zu vier Flugbegleitern zusammen. Ein weiterer Beobachtersitz befindet sich im Cockpit.

Iberia setzte ihre MD-87 auf zahlreichen Kurz- und Mittelstrecken ihres Routensystems ein. Sehr oft wurden die Strecken in Kombination mit ihren (147/150-sitzigen) Airbus A320-200, 150-sitzigen McDonnell Douglas MD-88 sowie der 200-sitzigen Boeing 757-200 durchgeführt. Ende der 90er Jahre wurden vier MD-87 in Miami/USA stationiert und führten Liniendienste ab Miami zu latein-/mittelamerikanischen Zielen durch. Die MD-87 ersetzte hier stationierte DC-9. Iberia ist bislang die einzige europäische Fluglinie, die in den USA eine Basis unterhielt, stellte aber ihre Aktivitäten nach längeren Überlegungen bis Ende Oktober 2004 ein. Diese Entscheidung wurde schon länger erwartet, da es seit Ende 2001 zu erheblich längeren Transitzeiten und höheren Kosten kommt. Die MD-87 wurden mittlerweile durch vier Airbus A319-100 ersetzt und alle MD-87 waren fortan wieder in Europa unterwegs. Mitte der 1990er Jahre richteten Iberia (erfolglos) einen viel versprechenden Knotenpunkt in Hamburg ein. So kamen ab Hamburg MD-87 und A320 nach Oslo und Helsinki zum Einsatz. Iberia wollte Hamburg als Drehkreuz für neu eingerichtete Strecken nach Skandinavien nutzen. 14 McDonnell Douglas MD-87 waren mit einem maximalen Startgewicht von 59000 Kg, 10 MD-87 mit einem maximalen Startgewicht von 61689 Kg zertifiziert. Die Reichweite der leichteren Version wurde mit 2900 Km angegeben, während die Reichweite der schwereren Version 3600 Km betrug.

Anfang 1999 übernahmen Iberia weitere 67 % der Aviaco-Anteile und die vollständige Übernahme wurde vorbereitet. Ende August 1999 war es dann auch gelungen. Zum 01.09.1999 wurden die 13 MD-88 der Aviaco offiziell in die Iberia-Flotte integriert, nachdem sich die verschiedenen Pilotengewerkschaften einigen konnten. Operationell gehört diese Übernahme zu den gelungenen in der Luftfahrtbranche, da Aviaco schon seit Jahren faktisch für Iberia flog und auch die Flottenpolitik nicht abwich. So ist es sehr wahrscheinlich, daß sich Iberia und Aviaco bei der Beschaffung der MD-88 abgesprochen haben und die MD-88 identisch zu den MD-87 der Iberia sein sollten, damit die Wartung und Ausbildung vereinheitlicht und die Kosten insgesamt gesenkt werden konnten. Relativ schnell wurden alle MD-88 mit den Farben der Iberia versehen. Außerdem wurde eine Sitzreihe entfernt, dadurch die angebotene Sitzplatzkapazität von (Y) 155 auf (CY) 150 reduziert. Der Piloten-Pool wurde zusammengelegt. Die Zusammenlegung der MD-80-Flotten ist operationell sehr positiv für die  MD-80-Flotte von Iberia. Die kombinierte MD-87/-88-Flotte reduzierte insgesamt die Unterhaltskosten für die MD-80. Die Pläne im Zuge der Integrierung von Aviaco war, daß die 13 MD-88 die 24 MD-87 der Iberia ergänzen und MD-87 den endgültigen Ersatz der DC-9 von Aviaco einleiten sollten. In Pressemitteilungen wurde deutlich, daß die 24 MD-87 der Iberia, die Aufgaben der DC-9 von Aviaco übernehmen sollten. Alle MD-87 sollten transferiert und zusammen mit den  MD-88 nur noch ausschließlich im Inland eingesetzt werden. Die MD-88 sind für ein maximales Startgewicht von 64410 Kg zertifiziert und ähneln somit eher der MD-81. Nur vier MD-88 verfügen über ein maximales Startgewicht von 66680 Kg, sind aber dennoch fast 5900 Kg leichter als die schwersten MD-88 und MD-83-Varianten. Der Lärmpegel der MD-87 und MD-88 ist durch die herabgesetzten Startgewichte nachweislich geringer. Die MD-88 wird ebenfalls von je zwei P&W JT8D-217C (89.0kN/20000lb) angetrieben. Die Reichweite wird mittlerweile bei beiden Versionen von Iberia mit 2900 Km angegeben. Aufgrund einer stetig wachsenden, sehr modernen Airbus A319/320/321-Flotte spielten die 37 MD-80 keine dominierende Rolle mehr, wenngleich die MD-80 von Iberia weiterhin in dieser Zeitphase noch sehr häufig auf diversen Flughäfen zu sehen sind.

Im Jahr 2002 wird berichtet, daß Iberia sich "so schnell wie möglich von der MD-80 trennen möchte". Ende Dezember 2002 /Anfang Januar 2003 kursierten aber Gerüchte, daß Iberia Interesse an den drei MD-87 der Spanair bekunden würde. Diese drei Exemplare sollen von Spanair schon ausgemustert und eingemottet worden sein, was sich aber als falsch herausstellte. Es kristallisierte sich aber heraus, daß zwei MD-87 an die Aeromexico vermittelt werden konnten, die dritte MD-87 (vorerst) weiterhin bei Spanair fliegen sollte. Anfang März 2003 kam es zu einer recht überraschenden Entwicklung. Eine der fünf MD-88 von Onur Air wird in den Farben von Iberia gesichtet. Dabei handelt es sich um die McDonnell Douglas MD-88 mit der Registration TC-ONM "Yasemin". Die MD-88 wurde vollständig mit dem Farbkleid von Iberia versehen. Die Vereinbarung sah zuerst den Einsatz dieser MD-88 zwischen März 2003 und April 2004 vor, aber nun wird dieses Flugzeug bis 2006 eingesetzt (später wieder revidiert).

Mitte 2004 gibt es Meldungen verschiedener Quellen, daß Iberia den weiteren Einsatz ihrer MD-80 von "mindestens 10 Jahren" plant. Davon war (?) auch "Pratt & Whitney" mehr oder weniger überzeugt und objektiv sprach auch vieles dafür, u.a. auch die Tatsache, daß die MD-80 größtenteils Eigentum von Iberia waren, längst abgeschrieben. Im Herbst 2004 wurde gemeldet, daß Iberia bis zum Jahresende 2004 den Ersatz ihrer MD-80 bekannt geben würde. Im Januar 2005 kann man erstmals offiziell Fotos von MD-88 und später auch MD-87 sehen, die in der Kabine mit neuen Gepäckfächern ausgerüstet wurden. Hier schienen Iberia genauso wie Delta Air Lines bei ihren MD-88 zu handeln: Austausch der Gepäckfächer, aber erfreulicherweise Beibehaltung der Seitenwände. Außerdem schienen auch die Kabinendecken unverändert zu bleiben.

Am 25. Februar 2005 gaben Iberia bekannt, daß die MD-80-Flotte bis 2008/09 durch weitere Airbusse ersetzt werden wird. Die Flotte wurde bis Frühjahr 2007 auf 18 MD-87 und 12 MD-88 reduziert und zunehmend ersetzten Flugzeuge der A320-Familie die MD-80-Serie auf europäischen Linienflügen.

Ende April 2007 wurde bekannt, dass nun 18 MD-87 "sofort zum Verkauf" angeboten werden und elf MD-88 "ab Oktober 2008". Ab 2007 bis Ende 2008 sollten sicherlich die meisten MD-87/-88 schrittweise, aber zügig aus dem Verkehr gezogen. Es ist wahrscheinlich, dass ab Oktober 2008 die letzten (möglicherweise fünf) MD-88 ausgemustert werden und dann die MD-80-Epoche bei Iberia enden sollte.

Ende Juni 2007 wurden zwei weitere MD-87 (EC-EXR und EXN) von Iberia ausgemustert. Während eine dieser Flugzeuge eine italienische Registration erhielt (I-AFRA), soll die andere MD-87 bei der spanischen "Pronair" zum Einsatz kommen.

Iberia setzte Anfang Oktober 2007 offiziell nur noch jeweils zwölf MD-87 und zwölf MD-88 ein, wobei aber eine MD-88 (EC-FIH) am 14. August 2007 bei der Bodenabfertigung beschädigt und wahrscheinlich außer Dienst gestellt wurde. Als Ersatz für die MD-87/-88 übernahmen Iberia in den nächsten Monaten weitere Airbus A319/320.

Ende März 2008 haben Iberia - schneller als offiziell bekannt - sämtliche noch zehn im Einsatz befindliche MD-87 aus dem Verkehr gezogen. Offiziell wurden noch zwölf MD-88 eingesetzt, aber diese Teilflotte spielte innerhalb der Iberia eine sehr untergeordnete Rolle und das Haupteinsatzspektrum beschränkte sich auf Inlandsflüge, wobei aber immer wieder die MD-88 auch auf internationalen Routen zum Einsatz kamen.

Anfang Oktober 2008 sollten nur noch vier MD-88 im Einsatz gestanden haben. Diese wurden offiziell zumeist auf Inlandrouten eingesetzt, aber aus verschiedenen operationellen Gründen sah man manch eine MD-88 auch noch auf internationalen Strecken. Dieser Flugzeugtyp war also zu diesem Zeitpunkt schon eine Rarität, da sich ansonsten der gesamte Flugbetrieb von Schmalrumpfflugzeugen auf die Airbus A320-Familie beschränkte - ein großer visueller Unterschied zur typischen Szenerie um die Jahrtausendwende, wo man in den Farben der Iberia u.a. A319/320/321, MD-87/-88, DC-9, Boeing 727 und 757 als Schmalrumpfvertreter bestaunen konnte.

Offiziell wurde am 25.10.2008 mit der MD-88 EC-FPJ folgendes Routing geflogen:
Madrid-Paris-Madrid-Barcelona-Madrid-Lissabon-Madrid-Alicante-Madrid
Doch am 26.10.2008 sprang dieses Flugzeug für eine ausgefallene Airbus A320 ein und führte dann nochmal Madrid-Granada-Madrid-Asturias-Madrid durch.

Schön ist es, dass am offiziell letztem Einsatztag zwei international wichtige Ziele nochmal mit MD-88 bedient wurden, dann die wohl wichtigste Route Madrid - Barcelona nochmal abgeflogen wurde, bis dann der letzte Kurs zwischen Madrid und Alicante und zurück begann.