Laut offiziellen Angaben der Harlequin Air, sollten insgesamt 18 MD-81 und fünf Airbus A300-600R bei Harlequin Air eingesetzt werden. Dieser Plan wurde nicht umgesetzt, da während der gesamten Existenz nur eine einzige MD-81 (JA8552) tatsächlich Bestandteil der Harlequin-Flotte war. Bemerkenswert ist, dass diese besagte MD-81 sehr häufig in Japan von "Spottern" fotografiert wurde. Diese Tatsache führte dazu, dass sehr viele Fotodokumente dieser individuellen MD-81 existieren.

Durch die Fusion zwischen JAS und JAL hat eine zwangsläufige Konsolidierung des Flugbetriebs Konsequenzen für Harlequin Air hat, da Japan Airlines schon eine eigene Charterabteilung und "Niedrigpreisabteilung" unterhält und Harlequin Air insgesamt eine sehr kleine Rolle spielt. Im Frühjahr 2004 scheint es so zu sein, dass Harlequin Air weiterhin ihre MD-81 für Charterdienste und begrenzt auch im Auftrag von JAL einsetzt, aber weng später wurde diese MD-81 bei JAL Express eingesetzt und Harlequin Air existiert seit April 2005 nicht mehr.