Spätestens ab Hochsommer 1991 wurden bei FAT erste McDonnell Douglas MD-82 eingesetzt und recht bescheiden wurde die MD-82-Flotte um weitere Exemplare schrittweise ausgebaut. Dieser Flugzeugtyp leitete bei FAT den Ersatz der langjährigen und mehrheitlich relativ betagten Boeing 737-200-Flotte ein. FAT´s Hauptmarkt waren seit jeher Linienflüge innerhalb Taiwans. Die Geographie der Insel resultiert in teilweise extrem kurzen Flugzeiten. Selbst auf den "langen" Inlandflügen wird eine relativ niedrige Reiseflughöhe eingenommen und die Reiseflugphase darf als sehr kurz bezeichnet werden. So zeichnet sich die wichtigste Inlandroute Taipei - Kaohsiung mit einer offiziellen Flugzeit von nur 40 Minuten aus. Die Flüge wurden  in dieser Phase seitens der Regierung subventioniert. Diese finanziellen Hilfen konnten und können aber die Betriebskosten kaum decken. Zusätzlich war der Markt stark umkämpft, es wurden Dumpingpreise beinahe als Standard angeboten. Die Auslastung der Flüge soll in den 1990ern insgesamt sehr hoch gewesen sein, die Erträge pro Passagier aber erschreckend niedrig. Diverse Analysten meinten, daß sich zu viele Fluglinien auf dem taiwanesischen Markt befinden würden und dieses Wirrwarr in den 1990ern zu Defiziten in der Flugsicherheit geführt hätten. In den 1990ern kam es dann auch zu einer Konzentrationswelle, wobei die EVA Air einige kleinere taiwanesische Fluggesellschaften zur UNI Air zusammenführten und z.B. U-Land Airlines ihren Betrieb einstellen mussten.

Eine MD-82 (B-28003) verunglückte 1993 bei einer gescheiterten Notlandung, wobei das Flugzeug total zerstört wurde, glücklicherweise aber keine Toten zu beklagen waren. In der ersten Hälfte der 1990er gab es im Zusammenhang mit taiwanesischen Fluggesellschaften teilweise sehr kontroverse Diskussionen über Flugsicherheit, mangelnde Überwachung, Überlastung der Infrastruktur und operationelle Defizite. Aus diesem Grund drängten die Behörden und der Staat, die Anzahl der Fluggesellschaften zu reduzieren. FAT arbeitete eng mit der China Airlines zusammen, die auch einen Anteil an der FAT hielt.

Im November 2004 wurde bekannt, daß FAT zwei über Jahre eingemottete MD-82 der U-Land Airlines übernehmen würden. Diese zusätzlichen MD-80 ergänzten die bestehende Flotte, die mittlerweile auch fünf jeweils 207-sitzige Boeing 757-200 umfasste. Zusätzlich wurde eine MD-90 von UNI Air angemietet. Zunehmend sollten auch der Anteil an internationalen Flügen ausgebaut werden. Diese Pläne wurden u.a. durch schwindende Margen im Inlandsverkehr begründet und natürlich durch den Wunsch, neue Märkte zu etablieren und die FAT auf finanziell und operationell stabilere Beine zu stellen.

FAT bestuhlte ihre MD-80 nicht einheitlich, sondern vielmehr wie folgt: entweder F8Y135, F8Y137 oder Y152, Y165 und Y172. Die verschiedenen Konfigurationen könnten u.a. damit zusammenhängen, dass FAT (aus relevanten oder auch nicht relevanten Erwägungen) oftmals die Konfiguration des vorherigen Betreibers beibehielt.

FAT bot seit Jahren auch Charterflüge an und diese führen nach Thailand, den Philippinen usw.. Ab 1996 besaßen FAT außerdem die Genehmigung, internationale Linienflüge durchzuführen. Diese Möglichkeit wurde von FAT auch recht schnell umgesetzt, denn trotz der Tatsache, dass FAT über einen langen Zeitraum die "Nummer 1 im Inlandsverkehr" war, so sehr waren FAT offensichtlich auf der Suche nach lukrativeren Märkten.

Vergebens versuchten diverse (offiziell konkurrierende) taiwanesische Fluggesellschaften, ihre Flugpreise gemeinsam erheblich zu erhöhen, damit die Kostendeckung gewährleistet werden könnte. Dies wurde mehrfach vom Staat aus verschiedenen Gründen abgelehnt. In den letzten Jahren hatte sich die Lage etwas stabilisiert, FAT kooperierte eng mit China Airlines, während UNI Air eng mit der EVA Air zusammenarbeitet. In UNI Air gingen diverse Fluglinien auf, darunter Great China (Dash8/MD-90) und Makung Airlines (einst (HS748/BAe146-300/MD-90).  Die UNI Air straffte die Flotte ganz bewußt auf zwei Muster: die Dash 8 und  MD-90. Mit 13 MD-90 (eine weitere musste als Totalverlust abgeschrieben werden) und Dash 8 wird weiterhin ein engmaschiges Inland- und Regionalnetz angeboten, die MD-90 kamen und kommen auch regelmäßig auf Charterflügen zum Einsatz.

Im Frühjahr 2007 setzt FAT nach mehrheitlichen Angaben jeweils fünf MD-82 und MD-83 an. Eine MD-83 wurde an die Angkor Airways vermietet und FAT waren für die operationelle wie technische Unterstützung zuständig.

Im Frühjahr 2008 gab es verschiedene Meldungen, dass FAT sich in großen finanziellen Schwierigkeiten befinden würden. FAT konnte verschiedenen Meldungen nach ihren IATA-Mitgliedsbeitrag in Höhe von 848 000 US$ nicht begleichen und als Konsequenz wurde der FAT die IATA-Mitgliedschaft aberkannt. Der seit jeher bestehende Preiskampf setzte sich fort und die Defizite vergrößerten sich durch die insgesamt gestiegenen Betriebskosten aufgrund weiter gestiegener Kerosinkosten und durch die zusätzliche Konkurrenz von Hochgeschwindigkeitszügen.

Zwar soll Ende Februar 2008 ein Reorganisationsplan genehmigt worden sein, aber FAT waren nicht in der Lage, notwendige Finanz-Investoren zu finden. Die taiwanesische Luftfahrtbehörde ordnete daraufhin am 12.05.08 an, dass FAT ihren Flugbetrieb am 13.05.08 einstellen müssen, aber bis zu diesem Datum die Mehrheit ihrer Flüge durchzuführen hätte. Die Vorankündigung sollte die Anzahl an gestrandeten Fluggästen reduzieren.

Die Flugbetriebseinstellung der FAT hatte direkte Auswirkungen auf Angkor Airways. Dieses Unternehmen musste nur wenige Stunden später ebenfalls ihren Flugbetrieb ersatzlos einstellen.