Am 19. Dezember 1986 wird offiziell gemeldet, dass CTA vier MD-87 bestellt hätten. Die Auslieferungen sollten im Februar, März und November 1988 sowie Mai 1989 erfolgen und die Ausmusterung der Caravelle ermöglichen. Die MD-87 sollten von Anfang jeweils 125 Fluggästen Platz bieten. Ausschlaggebend für die Entscheidung zugunsten der MD-87 waren höchst wahrscheinlich die sehr hohe Leistungsfähigkeit dieser Version sowie die Tatsache, dass Swissair sowie Balair schon MD-80 im Einsatz hatten und dadurch die infrastrukturellen Voraussetzungen sehr gut waren. Für CTA war es ebenfalls wichtig, dass die MD-87 eine Passagierkapazität bieten konnte, die den Anforderungen sehr nahe kam. So hatten CTA in dieser Phase keine offiziellen Pläne, größere Flugzeuge einzusetzen und die MD-87 stellte gegenüber der Caravelle zwar eine deutliche Vergrößerung der Kapazität dar, aber weitaus geringer als bei einem Ersatz durch einen 150 oder 200-Sitzer gegeben wäre. Technische und operationelle Assistenz erfolgte sehr wahrscheinlich durch andere Schweizer Unternehmen mit MD-80-Fluggerät.

Nach gut 10 Jahren erfolgreichem Einsatz der Caravelle stellte CTA die erste von vier bestellten MD-87 am 30.04.1988 auf einem Flug von Zürich nach Antalya in Dienst. Die MD-87 ersetzten die Caravelle. Obwohl dieser Flugzeugtyp schon als betagt galt, so investierten CTA einige Jahre zuvor eine nicht unerhebliche Summe in eine deutliche Aufwertung der Technik und Kabine. Diese Modifizierungen sollten die Caravelle bis zum Ersatz so weit es ging konkurrenzfähig halten.

Jede MD-87 bot 125 Sitzplätze und das Quartett wurde hauptsächlich auf Charterkursen ab Zürich und Genf eingesetzt. Zu den Zielen gehörten oftmals Griechenland, die Balearen, die Kanaren und Flüge nach Neapel und Palermo. Sub-Charter und Linienflüge im Auftrag der Swissair wurden oftmals geflogen und zeitweise generierten sie rund 40% des Geschäfts bei CTA. So kamen oftmals MD-87 der CTA auf regulären Linienflügen der Swissair zum Einsatz, wobei die Sitzplatzkapazität nicht verändert wurde. So wurden ab März 1992 zwei MD-87 für zwei Jahre an Swissair vermietet und von Montag bis Freitag auf Linienflügen der Swissair eingesetzt. 

Eine dritte MD-87 war von März (?) 1992 bis Ende November 1992 an Balair vermietet worden. Dafür mietete aber CTA als Kompensation eine MD-83 an.

CTA schloss sich zum 01.01.1993 mit der Balair zur BalairCTA zusammen. Es ist schon erstaunlich, dass sich die Schweiz über Jahre hinweg zwei Chartergesellschaften mit großem Einfluss der Swissair leisten konnte. Rein operationell hätte eine kombinierte Fluglinie (wie dann auch ausgeführt) gereicht. Diese Kritik kommt nicht als Angriff, sondern wurde von vielen Eidgenossen auch kritisiert. Die BalairCTA wurde 1995 aufgelöst, nachdem sich Swissair dazu entschloss, keine alle Aktivitäten der Chartertochter einzustellen. Charterflüge wurden seitdem teilweise durch Crossair durchgeführt, die dafür auch MD-80 erhielt. Außerdem konnte Edelweiss Air das Vakuum sehr gut füllen.

Jeweils zwei MD-87 fanden nach ihrer Einsatzzeit bei CTA ein neues Zuhause bei der SAS und Reno Air.