Crossair wurde erst nach einer Neuausrichtung innerhalb der Swissair-Gruppe Betreiber der MD-80. Das Unternehmen wurde erst relativ spät ein MD-80-Betreiber und baute ab Ende 1995 eine Flotte von zwölf MD-80 (eine MD-82, elf MD-83) auf. Sieben MD-83 sind umgewandelte MD-81/-82. Crossair übernahm u.a. vier MD-83 von Aero Lloyd. Die MD-80 waren der größte eingesetzte Flugzeugtyp und das Einsatzspektrum waren primär europaweite Charterdienste und im begrenzten Ausmaß auch Linienflüge, die zumeist im Auftrag und Abstimmung mit der Swissair durchgeführt wurden. Für Crossair bedeutete die Erweiterung der Flotte durch MD-80 eine erhebliche Kapazitätserweiterung und auch eine große operationelle Herausforderung. Innerhalb einer recht kurzen Zeit wuchs Crossair erheblich und übernahm zum Beispiel sämtliche Charterdienste, die zuvor von BalairCTA durchgeführt wurden.

Crossair setzte ihre MD-80 entweder mit 156, C68Y55 oder 161 Sitzplätzen ein. Letztere Sitzversion wurde hauptsächlich in MD-83 installiert, die Charterstrecken bedienen. Die MD-80 war bei der Crossair der älteste Flugzeugtyp, betonte aber mehrfach, dass die MD-80 gleichzeitig der zuverlässigste Flugzeugtyp in der damaligen Crossair-Flotte sei (SAAB340, SAAB2000, AVRO RJ). Es sollte aber erwähnt werden, dass das Einsatzspektrum der anderen Flugzeugtypen die Zuverlässigkeit "negativ" beeinflusste. Crossair gab ab ca. 1997 bekannt, dass die MD-80-Flotte entweder durch die Airbus A320-Familie, die Boeing 737NG oder MD-90/-95 ersetzt werden sollte. Letztlich entscheidet sich Crossair für die A320. Eine MD-83 kam im Auftrag der "Hotelplan" als "McPlane" zum Einsatz.

Mit Lieferung der ersten Embraer ERJ-145 stellte Crossair ein neues Farbschema vor, welches u.a. auch (wieder) stärker von der Swissair differenzieren sollte. Auch sollten die Weichen für eine umfassende Flottenerneuerung gestellt werden. So sollte mittel- und langfristig die gesamte bestehende Flotte durch Flugzeuge der Hersteller Embraer und Airbus ersetzt werden. Die MD-80-Flotte wurde moderat reduziert, spielte aber dennoch im Charterverkehr der Crossair eine tragende Rolle.     

Der Kollaps der Swissair hatte enorme Auswirkungen auf die Crossair, denn auf Basis von Crossair wurde der Flugbetrieb, denn ab Ende März 2002 übernahm offiziell Crossair die Rolle als neue nationale Fluggesellschaft, die Marke "Swiss" wurde etabliert, es blieb nur das Flugnummerkürzel von Crossair (LX). Die MD-80-Flotte wurde ebenfalls in die neu formierte Fluggesellschaft integriert.