Die heutige Continental Airlines ist das Resultat mehrerer Übernahmen und Integrationen. Dies spiegelte sich auch in der Flottenstruktur wider. Das Erscheinungsbild der Fluglinie wurde 1989 eingeführt. Die MD-80-Teilflotte begann vielfach bei anderen Fluggesellschaften ihre Karriere, so z.B. bei der New York Air. In den 90er Jahren erreichte die Flottenstärke der MD-80-Flotte 66 Einheiten und das Muster wurde u.a. durch DC-9-30 ergänzt. Bis zum ersten Quartal 2000 wurden 69 MD-81/-82 und MD-83 eingesetzt, da man noch einige wenige zusätzliche MD-80 anmietete. Einige Quellen sprechen von 70 MD-80 - hier gesplittet in fünf MD-81, 61 MD-82 und vier MD-83.

Continental Airlines war und ist tendenziell eine reine Boeing-Airline, auch wenn sie einst A300B und erfolgreich die DC-10 einsetzte. Schon seit Jahren waren Boeing 737 ebenfalls Bestandteil der Flotte und eine Bestellung für Boeing 737NG sollte ein gewaltiges Flottenerneuerungsprogramm ermöglichen. Dennoch investierte Continental Airlines auch in die MD-80-Flotte. So wurde in den 1990er Jahren sämtlich "refurbished" - kabinenseitig modernisiert. Der ursprüngliche Ausmusterungsplan von Continental Airlines sah verschiedenen Berichten zufolge einen langsamen Ersatz der MD-80-Flotte vor. Einige Quellen sprachen von "vier bis fünf Flugzeugen pro Jahr", wobei dieser Wert rückblickend etwas unrealistisch klang. Die langjährig eingesetzte DC-9-Flotte wurde Ende 2000 ausgemustert und im Oktober 2001 wurden ca. 30 MD-80 stillgelegt, da nach dem 11.09.01 das Passagieraufkommen auch bei Continental Airlines einbrach. Dieser drastische Rückgang hatte eine beschleunigende Wirkung auf die Ausmusterung der MD-80.

Im August 2002 wurde bekannt, dass die Continental Airlines ihre auf 34 Einheiten reduzierte MD-80-Flotte sehr zügig ausmustern möchte. Als Ersatz standen Boeing 737NG bereit - eine Flottenvereinheitlichung auf die 737-300/-500 und 737NG war klar absehbar. Auf diesem Wege wollte die Fluggesellschaft ihre Flotte auf nur noch vier Grund-Flugzeugtypen reduzieren und versprach sich dadurch erhebliche Einsparungen im Betrieb und eine deutlich höhere Effizienz und Wirtschaftlichkeit. Somit bestätigte sich der Plan von Continental Airlines, mittelfristig nur noch Boeing 737 auf Kurz- und Mittelstrecken einzusetzen. Unbestätigten Meldungen nach plante Continental Airlines nicht nur die Ausmusterung der MD-80, sondern auch den Ersatz der Boeing 737-300/-500 durch weitere Boeing 737-600/-700/-800/-900. Die Airline reduzierte im Spätsommer 2002 ihre MD-82 -Flotte auf eine Handvoll MD-80 und mottete viele Exemplare ein. Ganze elf MD-82 waren noch in den letzten Wochen vor der Ausmusterung im Einsatz und am 03.01.2005 fand der letzte kommerzielle Einsatz mit einem letzten Linienflug von Dallas Fort Worth nach Houston - George Bush Intercontinental statt. Drei Tage später verließen die letzten beiden verbliebenen MD-82 Houston - eine MD-82 wurde nach Goodyear/Arizona und die andere MD-82 wurde nach Houston - William P. Hobby überführt, wo noch abschließende Wartungsarbeiten vor der Rückgabe an den Leasinggeber erledigt wurden.