Als Ergänzung ihrer Boeing 737 leaste Bouraq Indonesia ab April 2004 zwei MD-82, die vormals bei Continental Airlines im Einsatz standen. Beide MD-82 stellten eine jeweils veränderte Bemalung vor. Die Entscheidung zugunsten der MD-80 könnte rückblickend durch die Einführung und vermeintlichen Erfolg der MD-80 bei Lion Air mit beeinflusst worden sein. Zu diesem Zeitpunkt konnte man die MD-80 in dieser Region als moderneres Flugzeug (gegenüber der Boeing 737-200) gut vermarkten und der Bekanntheitsgrad der MD-80 war eher gering. Laut Bouraq Indonesia wurden die MD-82 mit einer F14Y127-Konfiguration - also mit jeweils 141 Sitzplätzen - eingesetzt.

Später gesellte sich dann noch eine dritte MD-82 zur Flotte und so waren im Frühjahr 2005 drei MD-82 und elf Boeing 737-200 bei Bouraq Indonesia im Einsatz.

Der Einsatz währte nur sehr kurz, denn Bouraq stellte ihre MD-82 nach relativ kurzer Zeit wieder außer Dienst und konzentrierte ihre Flotte wieder auf die Boeing 737-200. Im Juli 2005 sollen Bouraq Indonesia aufgrund finanzieller Probleme ihren Flugbetrieb eingestellt haben, auch die Suche nach einem Investor verlief erfolglos.