Diese fünf von GPA und ILFC angemieteten MD-83 wurden dann ab 1991/92 durch MD-88 ersetzt. Jede MD-88 bot Y155 Sitzplätze und wurde von je zwei P&W JT8D-217C angetrieben. Die MD-88 wurden in Ergänzung der DC-9 auf zahlreichen spanischen Inlandstrecken, aber auch auf europäischen Linienflügen und Charterdiensten eingesetzt, wobei meistens die Flüge alle im Auftrag der Iberia stattfanden und die Dienste der Aviaco auch im Flugplan der Iberia automatisch erschienen.

Iberia übernahmen 1999 die Mehrheit an der Aviaco und nach der Lösung einiger interner Probleme mit den Pilotengewerkschaften wurde die gesamte Aviaco-Flotte in die der Iberia integriert. Zum 01.09.1999 wurden die 13 MD-88 der Aviaco offiziell in die Iberia-Flotte integriert. Operationell gehörte diese Übernahme zu den gelungenen in der Luftfahrtbranche, da Aviaco schon seit Jahren faktisch für Iberia flog und auch die Flottenpolitik nicht abwich. Interne Diskussionen über die Integration der Piloten konnten letztlich geklärt werden. Fortan ergänzen die 13 MD-88 die 24 MD-87 der Iberia, während die DC-9 am 09.08.2001 ausgemustert werden konnte. Aviaco flog schon seit Jahren in enger Zusammenarbeit zwar in den eigenen Farben, aber faktisch im Auftrag der Iberia. Nach der Integration in die Iberia kommen die MD-88 auch zunehmend auf europäischen Strecken zum Einsatz. Die Sitzplatzkapazität wurde auf 150 (Business/Economy) reduziert. Die MD-88 ist bei Aviaco/Iberia mit einem deutlich reduzierten Startgewicht von 64410Kg zertifiziert und entspricht hier eher der MD-81. Nur vier MD-88 sind mit einer Startmasse von 66680 Kg zertifiziert.

So ist es sehr wahrscheinlich, daß sich Iberia und Aviaco bei der Beschaffung der MD-88 abgesprochen haben und die MD-88 identisch zu den MD-87 der Iberia sein sollten, damit die Wartung und Ausbildung vereinheitlicht und die Kosten insgesamt gesenkt werden konnten. Der Lärmpegel der MD-88 ist durch die herabgesetzten Startgewichte nachweislich geringer.