Die MD-80-Serie war höchst wahrscheinlich teil eines ambitionierten Plans des Unternehmens, ihr Image und ihren Flugbetrieb radikal aufzuwerten und wettbewerbsfähiger zu sein. Hintergrund dieser Umstrukturierung war ein suboptimales Image in den 1990ern aufgrund häufiger Verspätungen durch technische Probleme und einen insgesamt unterdurchschnittlichen Service.

Im Laufe des Jahres 2002 wurde die Flotte um fünf MD-81 erweitert. Die MD-80 ergänzten in dieser Phase eine seit einigen Jahren bestehende DC-9-Flotte, während die 727 ausgemustert wurden. Diese Flugzeuge fielen durch eine sehr farbintensive Bemalung auf, wobei mit den MD-80 bewusst eine nüchternere Bemalung eingeführt wurde. Mittelfristig war der Ersatz der DC-9-30-Flotte durch weitere MD-80 geplant und so war der Ausbau der MD-80-Flotte auf neun Exemplare vorgesehen.

Mittlerweile wurden AeroRepública die zweitgrößte Fluggesellschaft Kolumbiens und man hatte Streckenrechte für Flüge in die USA erhalten. So wurde seit kurzer Zeit (ab Mitte 2003?) eine Route zwischen Baranquilla und Miami (mit MD-80) angeboten und in der Regel wird diese Route als hochprofitabel bezeichnet. Im Inland wurden elf Ziele angeflogen. Im Sommer 2005 kursieren Gerüchte, daß die panamesische Fluggesellschaft Copa Airlines die Kontrolle über AeroRepública Colombia übernehmen könnte und dies dann zu einer neuen Flottenstruktur führen würde. Die derzeit eingesetzte DC-9/MD-80-Flotte würde zugunsten von Embraer 170 (bis) 195 und Boeing 737-800 ersetzt werden. Copa Airlines übernahm dann wenig später tatsächlich die Mehrheit an AeroRepública.

Eine MD-83 wurde nach einer Bruchlandung als Totalverlust abgeschrieben, aber die MD-80-Flotte wuchs um weitere Exemplare aus Beständen der Finnair und Alitalia.

Im September 2006 wird ein neues Farbschema vorgestellt, welches die Zugehörigkeit zur Copa Airlines sehr deutlich zum Ausdruck bringt. So wurde faktisch das Farbschema und Emblem der Copa Airlines übernommen. Eine mehr oder weniger starke Ähnlichkeit der Bemalung mit Continental Airlines ist übrigens auch kein Zufall, denn seit Mai 1998 ist Continental Airlines zu 49% an Copa Airlines beteiligt. Im April 2007 wird die Flottenstärke mit fünf MD-81, drei MD-82 und vier MD-83 angegeben. Im Januar 2010 wurde die letzte MD-80 ausgemustert und die Fluggesellschaft setzt nunmehr zwölf Embraer 190 ein.