Die FAA erteilte der DC-9-80 die Lufttüchtigkeit am 26.08.1980. Zeitgleich konnten erhebliche Probleme wegen des Disputs mit der ALPA bis zur Zertifizierung der MD-80 geklärt werden und die MD-80 wurde somit als ein Flugzeug mit einem Cockpit für zwei Piloten zugelassen. Ein dritter Pilotensitz hätte nicht nur die Betriebskosten erhöht, sondern auch eine massive Umgestaltung des Cockpits erfordert, da schlicht kein Platz für einen dritten Piloten vorhanden gewesen wäre. Die US-Luftfahrtbehörde gab außerdem bekannt, daß die DC-9-80 die strengsten Lärmschutzbestimmungen erfüllt und sogar vielfach unterbietet. Der Lärm beim Start mit maximaler Nutzlast wurde mit 90,4 Dezibel vermerkt, erlaubt waren unter den neuen (zukünftigen Chapter 3-) Bestimmungen 90,6 Dezibel. Bei der Landung wurde ein Wert von 93,3 Dezibel gemessen - hier wären 100 Dezibel erlaubt gewesen. Sideline (an der Startbahn gemessen) - Werte wurden mit 94,6 Dezibel angegeben und hier wären 96,2 Dezibel erlaubt gewesen. Die MD-80 hätte zeitlich gesehen noch als Chapter 2-Flugzeug zertifiziert werden können. Mit den Zertifizierungspapieren in der Hand, buhlte McDonnell Douglas aggressiv um weitere, dringende Aufträge für ihre DC-9-80. In Werbebroschüren versprach der Hersteller, daß die neue Super 80 zwischen 20 bis 40 % günstiger einzusetzen sei und kumuliert nur rund 20 % des Lärms eines vergleichbaren Flugzeuges erzeugt. Zum Zeitpunkt der Erteilung der Lufttüchtigkeit, konnte McDonnell Douglas 87 Festbestellungen vorweisen. Die Bestellung von vier MD-80 von Southern Airways wurde zu einem früheren Zeitpunkt storniert, als die Diskussion wegen der Anzahl an Piloten im Cockpit einfach zu problematisch für die Airline erschien. Southern Airways fusionierte mittlerweile mit der North Central Airlines zur Republic Airlines, die dadurch damals der größte Betreiber von DC-9 wurde und dann doch noch neun MD-82 in den Farben von Republic flogen. Für 28 weitere MD-80 führte aber McDonnell Douglas Verhandlungen und es soll schon Vorverträge gegeben haben. Einige Tests wurden erst nach der Zertifizierung der DC-9-80 beendet. Dazu gehörte die Ermittlung der kürzesten Landestrecke und die Erlaubnis, nach Category IIIa automatische Landungen durchzuführen. Außerdem gab es Probleme mit der Software und es wurden noch immer Stimmen laut, die ein drittes Mitglied im Cockpit forderten. Diese Farce konnte aber im Juli 1981 endgültig beendet werden.

MD-81 der Japan Airlines