Die Flugerprobung und Zertifizierung der Super 80 war von Problemen gezeichnet.

Dazu gehörten Landeunfälle, Streiks von zwei Gewerkschaften bei den Mitarbeitern von McDonnell Douglas, längere Wartezeiten bei der Lieferung von Bauteilen und  ein heftiger Streit mit Pilotengewerkschaften darum, ob die Super 80 mit zwei Piloten geflogen werden dürfte oder drei Besatzungsmitglieder im Cockpit erforderte. Die Flugerprobung der Super 80 wurde durch die anhaltenden Probleme, von den ersten drei Super 80 durchgeführt. Geplant war die Erprobung eigentlich nur mit zwei Flugzeugen, aber durch die dritte Super 80 konnte das Programm um 2 Monate verkürzt werden. Diese Reduzierung konnte aber die Verspätung nicht mehr verhindern. Die zweite Super 80 wurde u.a. für Strukturtests verwendet. Hierbei wurden zum Beispiel die Tragflächenspitzen um 1,6 m aus ihrer Normalposition nach oben und unten gebogen. Die dritte Super 80 wurde u.a. für Evaluierungsflüge für die Zertifizierung des Zweimann-Cockpits verwendet. Dafür wurden „normale“ Flüge mit einer zweiköpfigen Besatzung an der Ostküste der USA durchgeführt und hier musste die Super 80 beweisen, daß sie auch von nur zwei Piloten geflogen werden konnte. Es wurden überlastete Flughäfen angesteuert und das Flugprogramm entsprach regulären Linienflügen nach Flugplan. Weitere Testflüge wurden im südlichen Kalifornien durchgeführt und hier wurde auch der dicht beflogene Luftraum über Los Angeles als Erprobungsraum genutzt. Während der Testflüge wurden technische Defekte simuliert. Repräsentanten der FAA beobachteten die Testflüge und die Arbeitsbelastung der Crews wurde auf Video aufgenommen. Die Pilotenvereinigung ALPA forderte weiterhin ein drittes Mitglied für das Cockpit der Super 80. Die Flugtests ergaben aber, daß die Arbeitsbelastung um ca. 25 % NIEDRIGER sei als bei der DC-9, ein Flugzeug mit zwei Besatzungsmitgliedern im Cockpit. Der Grund war, daß das Cockpit der Super 80 eine modernere Auslegung und neuere Avionik aufwies. Es wurden auch Testflüge durchgeführt, die beweisen sollten, daß die Super 80 das leiseste Flugzeug ihrer Klasse ist. Dafür wurden Anwohner von Flughäfen eingeladen und/oder benachrichtigt und sie sollten sich persönlich von der Geräuscharmut der  MD-80 überzeugen. Die Ergebnisse überraschten die Anwohner sehr positiv! Die MD-80 war an einigen Stellen fast gar nicht zu hören und der reguläre Flugverkehr übertönte sogar Vorbeiflüge der MD-80. Während der Testphase stellte sich auch heraus, daß die Super 80 mindestens 25 % weniger Kerosin pro Sitzplatz, pro Meile verbraucht als die DC-9-50! Die Flugerprobung war aber zeitlich sehr unter Druck geraten und die Anzahl an Test-Crews wurde erhöht und zeitweise rund um die Uhr geflogen, damit die Zertifizierung auch erreicht werden konnte.

Die MD-80 prägte bei Swissair sehr positiv die öffentliche Wahrnehmung. Das Unternehmen hatte in den 1980ern einen hervorragenden Ruf und profitierte sicherlich auch durch das Image der Schweiz. Auch auf dieser Aufnahme kann man sehen, wie durchdacht und einzigartig der Unternehmensauftritt war - im grunde zeitlos, wenngleich schon 1995 das Farbschema der Swissair deutlich vereinfacht wurde und sehr große Ähnlichkeiten mit dem zeitlosen Auftritt der Lufthansa zeigte.

Diese MD-81 wurde 1993 im Anflug auf London-Heathrow aufgenommen. Über viele Jahre hinweg setzten Austrian Airlines die MD-80 auf ihren Linienflügen nach Heathrow ein.