Während der Produktionszeit der MD-80-Serie konnte nicht eine einzige MD-80 in Indonesien abgesetzt werden. Dies verwundert einerseits, da mit Garuda Indonesia ein profilierter DC-9-32-Betreiber als logischer Kunde für die MD-80 einzustufen war. 

Zum Hauptartikel: "Die DC-9-32 bei Garuda Indonesia"

Beachtet man aber die damaligen luftverkehrspolitischen Umstände, Einschränkungen und die wirtschaftlichen und phasenweise auch operationellen Unzulänglichkeiten bei Garuda Indonesia, so mag dies eventuell erklären, warum Garuda Indonesia bis Ende der 1980er an der DC-9 (und Fokker F28) festhielten und die Airbus A300 das nächstgrößere Flugzeugmuster darstellte. Luftverkehrsabkommen und eine starke Besteuerung von Ausreisenden behinderten den Einsatz von bestimmten Flugzeugtypen. Zeitweise erschien es für Garuda sinnvoller, anstelle einer (recht großen) Airbus A300 alternativ eine Douglas DC-9 auf internationalen Hauptstrecken innerhalb Südostasiens einzusetzen. 

Die zeitliche Verschiebung eines Ersatzes führte Mitte der 1980er zu technischen Aufrüstungen bei der DC-9-Flotte von Garuda.

Ab Ende der 1990er ergaben sich durch die Ausmusterung von älteren MD-80 und Flottenumstellungen eine deutlich wachsende Anzahl an verfügbaren Flugzeugen dieses Typs. Eine erheblich beschleunigte Ausmusterung ergab sich als direkte Folge nach den Terroranschlägen am 11. September 2011. Die MD-80 war durch diese flottenstrukturellen Entwicklungen mit Abstand am stärksten betroffen. Gebrauchtpreise fielen in den Keller, eine sehr hohe Anzahl an MD-80 war beschäftigungslos. Darunter befanden sich MD-80, die vormals zum Beispiel bei USAir und Continental Airlines im Einsatz standen. Mehrheitlich handelte es sich um schon langjährig im Einsatz gestandene MD-80. Luftverkehrspolitische Veränderungen in Indonesien ließen unterdessen eine Vielzahl von neu gegründeten Unternehmen zu. Der Markt war somit nicht nur unter wenigen indonesischen Fluggesellschaften aufgeteilt und bestehende Märkte wurden geöffnet und neue Märkte durch Streckenlizenzen ermöglicht.

In dieser Aufbruchphase generierte die MD-80 als überaus günstig zu mietendes oder gekauftes Flugzeug Interesse bei einer Anzahl von indonesischen Fluggesellschaften. Die MD-80 erfüllte Chapter 3 und konnte bei gesunder Auslastung niedrigere Kosten pro Sitzplatz anbieten als die damals sehr stark verbreitete Boeing 737-200Adv.. Da die MD-80 in Indonesien in der Öffentlichkeit nur wenig bekannt war, wurde dieser Flugzeug gar als neuwertiges Produkt gepriesen - zumeist durch den prominentesten Nutzer - Lion Air!

--> Zum Hauptartikel: "Lion Air"

Ab Oktober 2001 war die MD-80 Bestandteil der noch sehr jungen Lion Air und mit der MD-80 wurden nicht nur vermeintlich neue Standards gesetzt, sondern auch massiv mit diesem neuen Flugzeugtyp geworben. Im Vergleich zu den bisher eingesetzten Flugzeugen bei Lion Air bestachen die MD-80 durch eine erheblich modernere Auslegung und durch ihre deutlich größere Passagierkapazität. Diese größere Kapazität erlaubte es Lion Air, ihre Betriebskosten pro Sitzplatz auf sehr attraktive Werte zu drücken und hier nach mehrheitlichen Meldungen einen betriebswirtschaftlichen Vorteil gegenüber 737-200-Nutzern auszubauen. 

Visuell einigten sich Lion Air auf eine plakative Billboard-Bemalung. Im Idealfall war eine MD-80 schneeweiss mit großem roten "LION"-Schriftzug und Logo auf dem Leitwerk. Flugzeuge von Lion Air fielen auf, da im Gegensatz zu anderen privaten indonesischen Fluggesellschaften keine cheatlines (Fensterbänder) oder relativ aufwändige Bemalungen angewendet wurden. Lion Air wirkten in vielerlei Hinsicht moderner und frischer. Mit Zulauf von weiteren MD-80 konnten Lion Air sehr rasant wachsen und Marktanteile gewinnen.

Im Laufe der Zeit etablierten Lion Air mit der Wings Abadi Air ("Wings")eine Tochtergesellschaft, die durch Transfer von MD-80 der Lion Air ebenfalls zum Betreiberkreis der MD-80 gehören sollte. Diese Flugzeuge zeichneten sich u.a. durch ihre knallroten Rümpfe aus.

Während der starken Expansionsphase ereigneten sich vermehrt Zwischenfälle mit dem Muster MD-80 und im Internet wurde immer häufiger über Unzulänglichkeiten berichtet. Neben unsachgemäßer Wartung und Behandlung der Flugzeuge wurde u.a. auch die Ausbildung der Besatzungen angezweifelt, aber auch operationelle Aspekte, wie zum Beispiel der Einsatz von MD-80 zu Flugplätzen mit Pisten, für die eine MD-80 nicht ausreichend waren. Zwischenfälle mit Flugzeugen, die über die Piste gerieten, beim Weg zum Start von der Piste abkamen oder bei der Landung Bauteile verloren oder zum Öffnen der Hecktreppe führten, warfen ein zunehmend zweifelhaften Ruf auf Lion Air. Diese Meldungen wechselten sich mit überaus ambitionierten Plänen ab, die den Einsatz von mehr als 50 MD-80 vorsahen! Tatsächlich wurden erheblich weniger MD-80 eingesetzt, später ergänzt durch fünf MD-90, von denen wahrscheinlich weiterhin nur drei flugtauglich sind, da zwei MD-90 nach Zwischenfällen teilweise schwer beschädigt wurden.

Mit Lieferung von Boeing 737-900ER wurde die MD-80-Flotte recht schnell reduziert und 2010 waren angeblich nur noch drei bis fünf MD-82 noch als "stand-by" im Einsatz. Fotomaterial der noch aktiven und nicht aktiven MD-80 machen einen ernüchternden Eindruck.

Der "Lion Air-Effekt" erzeugte bei Wettbewerbern eben solche Ambitionen und in recht kurzer zeitlicher Abfolge gesellten sich weitere indonesische Fluggesellschaften dem MD-80-Nutzerkreis. Hier seien vorerst Bouraq Indonesia und AIRFAST Indonesia genannt, zwei langjährig etablierte Fluggesellschaften, deren größte damals aktuell eingesetzte Flugzeugtypen die Boeing 737-200Adv. waren. Beide Unternehmen entschieden sich ebenfalls für die MD-82. Für Bouraq Indonesia sollte sich die Einführung von MD-80 als nicht optimal herausstellen. Die MD-80 erwies sich höchst wahrscheinlich als insgesamt zu groß für die Bedürfnisse des Unternehmens und somit als unwirtschaftlich. Die finanziell angeschlagene Bouraq Indonesia stellte Mitte 2005 ihren Flugbetrieb ein.

Kleinere Unternehmen gesellten sich ebenfalls zum Nutzerkreis der MD-80-Serie. Air Efata boten für eine kurze Zeit Linienflüge mit MD-83/-88 an, während Star Air ab Frühjahr 2004 eine später auf fünf Einheiten aufgebaute MD-82/-83-Flotte in Ergänzung ihrer Boeing 737-200Adv.-Flotte einsetzten. Ebenfalls für eine sehr kurze Zeit gesellten sich Kartika Airlines zum MD-80-Betreiberclub.

Obwohl aktuell nur noch wenige MD-80 in Indonesien im Einsatz stehen, so konnte diese Modellreihe für einige Jahre das Bild der indonesischen Luftfahrt unterstützend prägen. Die Erwartungen und Pläne für eine noch größere Anzahl von MD-80 waren ambitioniert und einige Erfahrungen ernüchternd. Der Einsatz der MD-80 zeigte möglicherweise auch infrastrukturelle Probleme auf, die sich im Zusammenhang mit dem rasanten Wachstum des Luftverkehrs in Indonesien ergaben.